Intense using of computational methods for enzyme interaction study with other compounds of organism is demonstrated. Importance of such approach and increasing interest of researchers to glycosaminoglycan ligand reaction on pharmacologically significant biocatalysts with molecular docking methods is noted. Obtained with its help data contribute the disclosure of observe interaction mechanism, development of enzyme activity control and grounding of rational recommendations for novel therapeutic means development of high-molecular kind. The results of molecular docking of heparanase, chondroitinlyase ABC, chondroitinase B, and hyaluronidase were shown. The approach to rational design of molecules of compounds regulating enzyme activity for novel drug derivative development of directional action is representative. The perspectives of computational methods for glycosaminoglycan with enzyme complexion is discuss.Продемонстрировано интенсивное использование вычислительных методов для исследования взаимодействий ферментов с другими соеди- нениями организма. Отмечена значимость такого подхода и увеличивающийся интерес исследователей к изучению воздействия гликозамино- гликановых лигандов на фармакологически значимые биокатализаторы методами молекулярного докинга. Полученные с его помощью данные способствуют раскрытию механизмов наблюдаемых взаимодействий, развитию приемов управления активностью ферментов и обоснованию целенаправленных рекомендаций по разработке новых терапевтических средств высокомолекулярной природы. Показаны результаты выпол- нения молекулярного докинга с гепараназой, хондроитиназой ABC I, хондроитиназой В, гиалуронидазой. Представлен подход к рациональ- ному дизайну молекул соединений, регулирующих активность ферментов, для разработки новых лекарственных производных направленного действия. Обсуждены перспективы расчетных методов для исследования комплексообразования гликозаминогликанов с белками.