La selección de microorganismos nativos de una región para la producción de biofertilizantes, da mayores posibilidades de adaptación y multiplicación de los mismos en el suelo, debido a que, entre éstos, la diversidad funcional de los hongos micorrízicos arbusculares (HMA) puede depender de la procedencia de los aislamientos, más que de la especie fúngica. Con el objetivo de seleccionar cepas nativas de HMA aisladas de suelos de dos sistemas de producción de chile Mirasol: tecnificado (TEC) y tradicional (TRA); como cultivo trampa para la selección de HMA se utilizaron plántulas de chile Mirasol las cuales fueron inoculadas con suelo TEC y TRA y un testigo sin inocular, para la selección se consideraron parámetros de infectividad y efectividad. Se establecieron dentro de un invernadero 14 tratamientos con TEC y 15 con TRA, cada uno con ocho repeticiones. Durante 40 días se midió la variable, altura de planta y biomasa seca (hojas, tallo, raíz y total), también se evaluó el porcentaje de raíz colonizada a los 90 días después del trasplante. Los tratamientos TEC-11 y TRA-14 fueron los que presentaron los resultados más consistentes en los parámetros medidos, tuvieron una producción de biomasa seca total de (0.66 y 0.69 g, respectivamente), con porcentaje de colonización en la raíz de (33.89 y 36.67, respectivamente).