RESUMO Objetivo: Analisar os fatores associados à indicação de ecocardiografia para a investigação de cardiopatia congênita entre recém-nascidos. Método: Estudo seccional retrospectivo por meio da coleta em 848 prontuários de pacientes internados em maternidades no Rio de Janeiro-Brasil, respeitando o recorte temporal de setembro a dezembro de 2022. Realizados cálculos da razão de chance, intervalo de confiança de 95% em nível de significância de 5%. Resultados: A média de idade das mães foi de 26,5±6,3 anos; 52,7% foram classificadas como pardas. A idade média dos recém-nascidos foi de 3,5±5,6 dias.As variáveis maternas: idade gestacional (RC=6,93, IC:3,76-12,80), número de fatores de risco gestacional (1,90: 1,47-2,45) e número de medicamentos (1,97: 1,40-2,77); e as variáveis neonatais: idade (1,07: 1,03-1,02), prematuridade (10,55: 5,29-21,03) e número de fatores de risco (2,62: 2,03-3,38) se associaram significativamente à indicação de ecocardiografia (p<0,001). Conclusão: Conclui-se que as distintas variáveis materna e neonatal,idade gestacional, número de fatores de risco gestacional número de medicamentos, idade, prematuridade e números de fatores de risco, respectivamente apresentaram associação significativa para a indicação da ecocardiografia. Logo, a identificação desses fatores possibilitará a investigação de cardiopatia congênita em momento oportuno entre os recém-nascidos.