OBJETIVO:descrever as alterações funcionais da deglutição em bebês de risco para o desenvolvimento neuropsicomotor.MÉTODOS: utilizou-se estudo do tipo individuado, observacional e referência temporal transversal. A amostra constituiu-se de 83 crianças, com idade cronológica entre zero e 36 meses. Para análise estatística foram realizados o Teste de Igualdade de duas proporções e o Teste Exato de Fisher.RESULTADOS: dentre os resultados, verificou-se que todos os bebês apresentaram alterações funcionais na sequência da deglutição. No que concerne aos fatores de riscos, constatou-se a prematuridade como maior prevalência (40,7%), acompanhada em ordem decrescente por hipóxia neonatal (35,2%), síndrome do desconforto respiratório (25,9%), convulsão (22,2%), sepse (18,5%) e hemorragia peri-intraventricular (7,4%). As alterações funcionais da deglutição mais encontradas durante a avaliação clínica foram escape anterior (71%) e tosse (72,5%) para a consistência líquida. Na consistência pastosa, foram observados escape anterior (76,9%), tosse (64,1%) e aumento do tempo do trânsito oral (56,4%). Os achados nasofibrolaringoscópicos encontrados foram escape posterior do alimento para a faringe (78,6%), atraso do início da deglutição faríngea (57,1%), estase em valéculas (7,1%), estase em recessos piriformes (7,1%), penetração laríngea (21,4%) e alteração de sensibilidade laríngea (14,3%). Na relação dos fatores de risco para o desenvolvimento e as alterações da deglutição, detectaram-se comprometimentos de fase oral e fase faríngea.CONCLUSÃO:existe uma associação entre os fatores de riscos para o desenvolvimento neuropsicomotor e as alterações funcionais da deglutição.