A população mundial encontra-se localizada principalmente em áreas costeiras, especialmente nas áreas de baías e estuários por conta de suas localizações estratégicas, abrigando instalações de atividades industriais, marítimas e de veraneio, bem como servindo como fonte de alimentos. Considerando este aspecto, os estuários e baías tornam-se receptores de diferentes elementos de origem antrópica oriundos da drenagem urbana, de efluentes industriais, despejos de embarcações e fontes pontuais poluidoras, vindas do continente. Sob a perspectiva global, os elementos traços são considerados contaminantes críticos para os ambientes costeiros. Dependendo do contaminante, da sua propriedade físico-química e das condições do meio o contaminante pode se manter na água, ser adsorvido no sedimento ou absorvido por organismos. Devido à baixa mobilidade da maioria dos organismos bentônicos, a presença de elementos traços nos sedimentos pode ser mais prejudicial para as comunidades de macroinvertebrados bentônicos do que para outras comunidades do ecossistema aquático. No presente estudo para caracterizar a distribuição de elementos traços e macroinvertebrados bentônicos e avaliar a relação entre a contaminação por metais e as estruturas das comunidades bentônicas, coletou-se 16 amostras superficiais no sistema estuarino de Paranaguá, abrangendo séries temporais ao longo do ano de 2018. Foram avaliadas também as características geoquímicas dos sedimentos (tamanho de partículas, nutrientes e matéria orgânica), parâmetros físico-químicos da coluna d’água (salinidade, pH, temperatura, OD e turbidez), a concentrações de metais em sedimentos, a diversidade (índice de Shannon), a riqueza e abundância das espécies identificadas. Nesse contexto os resultados indicaram que a concentração média dos elementos traços nos sedimentos durante o período seco seguiu a seguinte ordem: Zn > Cr > Cu > Pb > Ni > As > Cd. Já no período chuvoso a concentração média decresceu da seguinte forma: Zn > Cr > Pb > Cu > Ni > As > Cd. A estrutura das comunidades de macroinvertebrados bentônicos também foi estudada, juntamente com a análise das correlações entre elementos traços e comunidades bentônicas. Foram identificados 12 filos e 12 classes, e os grupos dominantes foram anelídeos e moluscos. Os resultados da correlação entre as métricas da comunidade bentônica e as concentrações de elementos traços indicam que a riqueza e abundância são mais sensíveis à contaminação por elementos traços. As principais influências na comunidade bentônica podem ser o Cd > As > Mn. Os resultados encontrados sugerem que a comunidade bentônica também pode ser utilizada no biomonitoramento de áreas de relevância ambiental, como o Sistema Estuarino de Paranaguá, quanto a contaminação por elementos traços. Assim tem-se mais um balizador que possa orientar a tomada de decisões e atender as necessidades ecológicas e sociais de maneira sustentável.