Automated and low cost method to manufacture addressable solid-state nanopores

Vega, M.; Lerner, Betiana; Lasorsa, Carlos; Pierpauli, Karina; Pérez, Maximiliano

doi:10.1007/s00542-014-2399-x

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“…En esta etapa el encuentro de ambas pirámides invertidas da lugar a la formación del poro y al frenado químico, que disminuye la velocidad del wet etching. Cabe resaltar que previamente nuestro grupo había reportado el proceso de formación de nanoporos bajo condiciones de KOH 4M, sin aplicar voltaje al procedimiento [7]. Finalmente, para concluir con el proceso, la oblea es sometida a un lavado con solución piraña (mezcla de H 2 SO 4 y H 2 O 2 en proporción 3:1) para remover las sales remanentes que quedan adheridas a la superficie.…”

Section: Figuraunclassified

“…Entre los métodos que reporta la literatura para la fabricación de poros se encuentran metodologías que hacen uso de la microscopía electrónica [2][3][4][5][6], métodos de etching químico [7,8] y métodos electroquímicos [9][10][11][12][13]. La fabricación de nanoporos mediante técnicas de microscopía electrónica resulta ser muy útil y permite tener un gran control en relación al tamaño y localización del poro.…”

Section: Introductionunclassified

“…Dicho material se expone localmente a un agente como ácido fluorhídrico, hidróxido de sodio, hidróxido de potasio, tetrametil amonio hidróxido, entre otros, que lo atacan químicamente. El etching químico con KOH ha sido especialmente estudiado debido a su bajo costo, alta relación de ataque (100)/(111) , su naturaleza no tóxica y facilidad de manipulación en laboratorio [7,14]. Durante el proceso, átomos de silicio son arrancados de la estructura cristalina al entrar en contacto con los hidróxidos presentes en el medio.…”

Section: Introductionunclassified

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Caracterización del proceso de fabricación de macroporos sobre sustrato de silicio por método electroquímico

et al. 2018

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RESUMEN En el presente trabajo se estudió el proceso de fabricación de una serie de macroporos sobre obleas de silicio cristalino mediante la técnica wet etching. Se evaluó la incidencia de distintos factores como el voltaje, la temperatura y el agente de frenado sobre las características específicas de la formación. A partir de los datos obtenidos de la evolución de las corrientes fue posible estandarizar el proceso y determinar el momento de formación del poro, esencial en cuanto a la disponibilidad de un método compatible con las exigencias de la industria. Finalmente, se concluyó que para la fabricación de poros en forma controlada, las condiciones óptimas corresponden a una temperatura de 84 ˚C, HCl como agente de frenado y voltajes de 0,1V, 0,5V y 1V respectivamente. Los anteriores resultados son de gran importancia en los campos de la medicina y la biología en relación a la utilidad de los poros como dispositivos de sensado.

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Section: Figuraunclassified

Section: Introductionunclassified

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Caracterización del proceso de fabricación de macroporos sobre sustrato de silicio por método electroquímico

et al. 2018

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“…Although NGS produces massive amounts of DNA sequences in one run, the technology was highly expensive at the early stage ( De Magalhães et al, 2010 ). However, NGS services have been popularized and subject to reduced costs given the continuous development of new technologies such as nanopore (Oxford NanoPore Technologies, United Kingdom) sequencing ( Vega et al, 2016 ). Given the reduced costs, this NGS sequencing service is now available for use in molecular studies of foodborne pathogens to achieve rapid detection and identification and facilitate microbial genomics, metagenomics, and even shotgun metagenomics analyses ( Chung et al, 2021 ).…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Novel next generation sequencing panel method for the multiple detection and identification of foodborne pathogens in agricultural wastewater

Park

Kwon

Ha³

et al. 2023

Front. Microbiol.

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Detecting and identifying the origins of foodborne pathogen outbreaks is a challenging. The Next-Generation Sequencing (NGS) panel method offers a potential solution by enabling efficient screening and identification of various bacteria in one reaction. In this study, new NGS panel primer sets that target 18 specific virulence factor genes from six target pathogens (Bacillus cereus, Yersinia enterocolitica, Staphylococcus aureus, Vibrio cholerae, Vibrio parahaemolyticus, and Vibrio vulnificus) were developed and optimized. The primer sets were validated for specificity and selectivity through singleplex PCR, confirming the expected amplicon size. Crosscheck and multiplex PCR showed no interference in the primer set or pathogenic DNA mixture. The NGS panel analysis of spiked water samples detected all 18 target genes in a single reaction, with pathogen concentrations ranging from 108 to 105 colony-forming units (CFUs) per target pathogen. Notably, the total sequence read counts from the virulence factor genes showed a positive association with the CFUs per target pathogen. However, the method exhibited relatively low sensitivity and occasional false positive results at low pathogen concentrations of 105 CFUs. To validate the detection and identification results, two sets of quantitative real-time PCR (qPCR) analyses were independently performed on the same spiked water samples, yielding almost the same efficiency and specificity compared to the NGS panel analysis. Comparative statistical analysis and Spearman correlation analysis further supported the similarity of the results by showing a negative association between the NGS panel sequence read counts and qPCR cycle threshold (Ct) values. To enhance NGS panel analysis for better detection, optimization of primer sets and real-time NGS sequencing technology are essential. Nonetheless, this study provides valuable insights into applying NGS panel analysis for multiple foodborne pathogen detection, emphasizing its potential in ensuring food safety.

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“…[7][8][9][10] In the electrochemical etching process, a solid-state material is placed between an etching agent and a stopping solution. 11 Once the pore is formed, chemical braking takes place thus concluding the process. Furthermore, Pt electrodes are placed in each solution and the current is monitored during the etching process.…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Hybrid microchannel-solid state micropore device for fast and optical cell detection

et al. 2020

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Automated and low cost method to manufacture addressable solid-state nanopores

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Caracterización del proceso de fabricación de macroporos sobre sustrato de silicio por método electroquímico

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Novel next generation sequencing panel method for the multiple detection and identification of foodborne pathogens in agricultural wastewater

Hybrid microchannel-solid state micropore device for fast and optical cell detection

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