Fundamento: Distrofia Muscular de Duchenne (DMD) é uma doença neuromuscular hereditária rara. O acometimento cardíaco inicial pode ser assintomático. Portanto, a avaliação por métodos não invasivos pode auxiliar sua abordagem. Objetivos: Analisar o eletrocardiograma (ECG) e a variabilidade da frequência cardíaca (VFC) do grupo com DMD, e comparar com a do grupo controle pareado por idade. Métodos: Estudo prospectivo com 27 pacientes masculinos com DMD (idade de 11,9 anos) que foram submetidos à avaliação clínica, ECG, ecocardiograma e Holter. ECG (aumento de 200%) foi avaliado por dois observadores independentes. VFC foi feita no domínio do tempo (24 h) e da frequência na posição supina e sentada. O grupo saudável foi de nove pacientes (11,0 anos). Um valor de p < 0,05 foi considerado estatisticamente significante. Resultados: A média da fração de ejeção (FE) foi de 60% (34 a 71%). O coeficiente de Kappa para as medidas do ECG variou de 0,64 a 1,00. Foram verificados aumento da relação R/S em V1 em 25,9%, onda Q patológica em 29,6% e QRS fragmentado em 22,2% em regiões inferior/lateral alta, este com correlação negativa com FE (p = 0,006). Houve baixa VFC, sem influência de nenhuma variável, inclusive tratamento. Com a mudança da posição, houve aumento da FC (p = 0,004), porém não houve alteração da VFC. A relação LF/HF foi de 2,7 na DMD e de 0,7 no controle (p = 0,002). Conclusões: Nos participantes com DMD, as ondas R proeminentes em V1 e alterações nas regiões inferior/lateral alta ocorreram em quase 30% dos casos. Houve menor tônus vagal sem influência das variáveis idade, fração de ejeção, dispersão do QT e tratamento. Apesar do aumento da FC, não houve resposta adequada da VFC com a mudança de posição. Palavras-chave: Distrofia muscular de Duchenne; Eletrocardiografia; Frequência Cardíaca; Sistema Nervoso Autônomo.