O aumento do número de pets não convencionais nos lares brasileiros é uma realidade cada vez mais significativa. Por terem uma introdução relativamente moderna ao ambiente doméstico podem trazer alterações significativas à sanidade, aos seres humanos com quem convivem, que podem ser expostos a zoonoses, e animais de vida livre, que podem ser expostos à novas doenças. A tendência desses animais, cuja domesticação é recente, de esconder sintomas torna ainda mais desafiadora a tarefa de monitorar as potenciais doenças acarretadas por esse convívio. Estabelecida a importância de monitorar a saúde de pets exóticos, esse trabalho se propôs, por meio de um estudo de coorte retrospectivo, analisar as alterações coprológicas dos animais atendidos em uma clínica veterinária de Brasília especializada no atendimento de espécies exóticas e silvestres. Foram disponibilizados 427 exames coprológicos de animais de 38 espécies diferentes, dos quais aqueles que apresentaram mais de 7 alterações foram tabuladas e analisadas, estando aptos a análise 304 laudos. A partir dessa análise foi encontrada uma maior ocorrência de alterações gerais em aves, que representam 74% dos exames analisados. O principal protozoário observado foi a Giardia com um total de 16,7% dos animais infectados, também foram encontrados entre os protozoários Eimeria, Trichomonas, Balantidium, Metamonada e Entamoeba. Das helmintíases apenas répteis apresentaram resultados positivos, sendo o principal parasito as Oxyuroideas em 1,3% dos pacientes, também sendo encontrado Cestódeos, Strongyloides, Ancylostoma, Ascaridoidea e Trematódeos. Das demais alterações, houve prevalência de 28,9% de aumento da biota intestinal, sendo essa a principal alteração observada. Também apareceram entre as alterações Macrorhabdus ornithogaster ou megabacteriose, hemácias, bacilos, cocos, ácaros não identificados, ovos de insetos da família Gryllidae, gordura e sementes. Os resultados obtidos demonstram a importância de se atentar a higiene e procedência dos alimentos ofertados aos animais estudados e seu monitoramento para melhorar o bem-estar e saúde.