O Complexo Estuarino de Paranaguá (CEP), localizado na costa sul do Brasil, enfrenta desafios ambientais significativos decorrentes de atividades antropogênicas, crescimento populacional e questões de disposição de resíduos. Nesse contexto, a biotecnologia ambiental emerge como uma ferramenta crucial para a preservação e restauração da natureza na região. Este estudo aborda três áreas de pesquisa em biotecnologia ambiental no CEP: a análise dos microplásticos (MP), o uso de macroalgas como sentinelas e o potencial do caranguejo-uçá (Ucides cordatus) como biomarcador. A contaminação por microplásticos (MP) no CEP é documentada, destacando a acumulação desses poluentes em organismos marinhos consumidos localmente como moluscos e ostras, alertando para os impactos ambientais e riscos à saúde humana. Considerando a importância dos manguezais na cadeia alimentar, a pesquisa destaca a necessidade de investigações sobre a contaminação por MP, utilizando bioindicadores e aplicando técnicas de biorremediação com microrganismos nativos. As macroalgas são exploradas estrategicamente como sentinelas ambientais, aproveitando sua adaptabilidade e eficácia como bioindicadores. Sua utilização na biotecnologia ambiental oferece uma abordagem holística para enfrentar desafios, contribuindo para a preservação do ecossistema costeiro e fornecendo ferramentas sustentáveis para prevenção e remediação de impactos ambientais. O caranguejo-uçá (U. cordatus) é proposto como um biomarcador essencial no litoral do Paraná, refletindo sua estreita ligação com os manguezais. Além de seu valor econômico, o caranguejo-uçá desempenha papéis cruciais no ecossistema, indicando a saúde ambiental e os impactos antrópicos. Concluindo, este estudo destaca a importância da biotecnologia ambiental no contexto do CEP, propondo abordagens integradas para a preservação ambiental. Ao explorar os aspectos da contaminação por MP, o uso estratégico de macroalgas e o papel do caranguejo-uçá como bioindicador, busca-se promover a sustentabilidade e a integridade do CEP.