Acessibilidade e Controle Interno nas universidades é um tema atual e pouco discutido abertamente, porém a cada dia se pode observar que o número de alunos diagnosticados como Pessoas Com Deficiência (PCD) adentrando nas universidades, reconhecendo e buscando seus direitos e deveres, têm crescido bastante. Neste trabalho buscou-se identificar como é a atuação dos núcleos de atendimento para a acessibilidade das pessoas com deficiência nas universidades por meio do controle interno. Para atendê-lo, buscou-se efetuar o levantamento dos tipos de PCD apresentados pelos alunos em uma universidade federal, por meio de pesquisa exploratória e estudo de caso. Identificou-se que as maiores necessidades apontadas pelos discentes portadores são as físicas, estando em sua maioria nos cursos de medicina, na Faculdade de Ciências da Saúde. Em seguida, estão as auditivas (22) e de surdez (26) e que a faculdade que mais atende esses alunos é a de Educação à Distância (EAD), junto aos cursos que ofertam habilidades em Língua Brasileira de Sinais (Libras). O controle interno atua por meio da Auditoria Interna da instituição e em seu Plano Anual de Auditoria Interna (PAINT) manifesta preocupação principalmente com a permanência dos alunos, recomendando junto às pró reitorias responsáveis pelas áreas de ensino de graduação e pós-graduação algumas ações.