Si bien los murciélagos constituyen una importante proporción de la diversidad de mamíferos, en muchas áreas se desconocen las especies presentes. Aportamos datos distribucionales, ecológicos (riqueza, gremios tróficos, reproducción y uso de refugios) de las especies de murciélagos que habitan bosques de las ecorregiones Delta e Islas del Paraná y Chaco Húmedo del noreste de la provincia de Santa Fe, Argentina. Realizamos muestreos entre los años 2021 y 2022 en ocho sitios de los departamentos General Obligado y San Javier, durante 17 noches y 71,58 h. Registramos diez especies (y 28 ejemplares) pertenecientes a tres familias (Vespertilionidae, Molossidae y Phyllostomidae) y cinco gremios tróficos. La especie más frecuente fue Neoeptesicus furinalis, la cual se registró en el 62,5 % de los sitios. Además registramos a Sturnira lilium luego de 78 años de su único registro en la provincia. Los insectívoros fueron el grupo trófico que presentó mayor riqueza en las capturas (nueve especies). La mayor riqueza de especies se halló en los ambientes cercanos a cuerpos de agua, lo que indicaría la importancia de estos ambientes para los murciélagos.