Introducción: la transmisión de la malaria en Colombia es heterogénea y de intensidad variable a escala regional. En la región del Caribe se registra transmisión de baja intensidad y alta receptividad. Objetivos: estratificar el riesgo de transmisión de malaria en la región del Caribe colombiano 2008-2020. Materiales y métodos: estudio descriptivo retrospectivo en 167 municipios, a partir de fuentes secundarias. Se adaptó la metodología de estratificación de Organización Panamericana de la Salud. Se utilizaron medidas de frecuencia absoluta y frecuencia relativa como porcentajes, proporción de especies parasitarias y la mediana del índice parasitario anual. Resultados: el 77% de los municipios (128) se clasificaron en estrato de riesgo 2, el 19% en estrato de riesgo 3 (31) y el 5% en estrato de riesgo 4 (8), estos últimos situados en los departamentos de Bolívar y La Guajira. En la región se notificaron 31.198 casos de malaria, el 84,1% por P. vivax. El 75% fueron aportados por los departamentos de Bolívar (Siete municipios) y La Guajira (un municipio). Conclusiones: la distribución del riesgo de transmisión de malaria en esta región es heterogénea y focalizada. El territorio presenta condiciones favorables para la transmisión de la enfermedad. Estos hallazgos son insumos para la toma de decisiones.