La reacción de polimerasa en cadena (RPC) múltiple permite detectar simultáneamente virus respiratorios, planteando interrogantes sobre la relevancia de cada uno de ellos en el cuadro clínico.Objetivo: Evaluar la contribución de factores clínicos, epidemiológicos y virológicos para interpretar el cuadro clínico de niños hospitalizados por infección respiratoria aguda (IRA) con co-detección viral.Pacientes y Método: Se incluyeron los pacientes pediátricos ≤ 15 años, hospitalizados por IRA en el Hospital Clínico de la Red de Salud UC-CHRISTUS entre los meses de junio y octubre de 2014, y que presentaron un panel molecular respiratorio positivo. Las muestras respiratorias (hisopado nasofaríngeo, aspirado traqueal o lavado broncoalveolar) con paneles positivos por técnica Seeplex® RV15 OneStep ACE Detection Seegene®, fueron analizadas con una segunda técnica (xTAG-RVP-FASTv2 Luminex®, USA), la cual permite la detección simultánea y semi-cuantitativa de 17 virus respiratorios. Se recolectaron antecedentes clínicos y epidemiológicos.Resultados: Se identificó un virus en 42/57 niños (74%) y más de uno en 15/57 (26%). La hospitalización en cuidados intensivos (UCI) fue más frecuente en pacientes con co-detección (OR = 5,5; IC 95%: 1,5-19,6). Los virus más detectados fueron rinovirus/enterovirus (HRV/EV) (29%) y virus respiratorio sincicial (VRS) (25%) y la co-detección más habitual fue HRV/EV-VRS (33%). La infección HRV/EV presentó más frecuentemente imágenes intersticiales mientras que VRS condensaciones (p = 0,002). Para HRV/ EV, las medianas de intensidad de fluorescencia (MFI, semi-cuantificación) fueron de 1788 y 2456, en co-detección y agente único, respectivamente (p = 0,022). En niños con co-detección HRV/EV, se observó una estadía hospitalaria más prolongada comparado con su detección aislada (5 versus 3 días, p = 0,028).Conclusión: La co-detección viral es frecuente en niños hospitalizados con IRA y se asocia a mayor hospitalización en UCI. Destaca la presencia de HRV/EV en la co-detección viral y una estadía hospitalaria más prolongada. Más estudios son necesarios para definir la relevancia de los virus identificados en co-detección en pacientes pediátricos hospitalizados.