Resumo Introdução Diferentes metodologias tem sido utilizadas para avaliação histológica da osseointegração, levando a diferentes resultados. Objetivo O objetivo é comparar diferentes metodologias de análise histomorfométrica da osseointegração de implantes com diferentes superfícies, instalados em tíbias de ratos. Material e método 24 ratos foram aleatoriamente divididos em 3 grupos (n = 8) para a instalação dos implantes. Esses grupos foram divididos de acordo com o tipo de implante instalado na tíbia: Grupo Hidrofílico - HFL (instalação de implante com superfície modificada por jateamento de óxidos e ataque ácido e mantida em solução de cloreto de sódio), Grupo Hidrofóbico - HFB (instalação de implante com superfície modificada por jateamento de óxidos e ataque ácido) e Grupo Usinado - U (instalação de implante com superfície usinada). No período de 45 dias após os procedimentos cirúrgicos de instalação dos implantes, os animais foram submetidos à eutanásia, e as tíbias foram removidas, sendo realizado o processamento histológico para amostras não descalcificadas. Após a obtenção das lâminas, foi realizada a análise histomorfométrica para avaliar as porcentagens de contato osso-implante (% BIC) e da área óssea entre as espiras (% BBT). As mensurações foram realizadas em duas diferentes regiões: 1) as roscas do implante na região do osso cortical e 2) todas as roscas do implante inseridas no osso (cortical e medular). A análise estatística foi feita por meio de ANOVA One-Way, seguida pelo teste de Tukey para análise inferencial dos dados. Resultado Quando o BIC e o BBT foram analisados de forma independente nas regiões cortical e trabecular/total, observou-se uma diferença no comportamento histológico dos implantes de acordo com o tratamento de superfície. Os implantes HFL apresentaram BIC (%) trabecular 16,85% maior (p = 0,02) do que os implantes HFB e 26,12% maior (p ≤ 0,0001) do que os implantes usinados. Contudo, a região cortical de todos os grupos apresentou valores de BIC cortical significativamente maiores ao redor dos implantes, independentemente da superfície. Conclusão Os resultados obtidos demonstraram que a formação óssea peri-implantar foi superior nas análises realizadas apenas em osso cortical, se comparados aos valores obtidos na mensuração total (osso cortical somado ao medular). Também foi possível observar que, dentro da mesma superfície, os valores de BIC (%) foram superiores em osso cortical. Em relação às limitações do estudo, pode-se concluir que diferentes metodologias de análise histométrica da osseointegração ao redor de diferentes superfícies de implantes instalados em tíbias de ratos podem interferir nos resultados de osseointegração, independentemente da superfície analisada.