Objetivo: O presente trabalho objetivou revisar as infecções fúngicas invasivas (IFIs) e as profilaxias antifúngicas utilizadas nos últimos 20 anos em pacientes transplantados, de forma a identificar as mudanças ocorridas nesse período e discutir as condutas mais atuais. Métodos: Trata-se de uma revisão sistemática em que se utilizou a base de dados PubMed, na qual foram selecionados artigos científicos dos últimos 20 anos, abrangendo ensaios clínicos, ensaios controlados randomizados, revisões sistemáticas da literatura e metanálises. Resultados: De acordo com o presente estudo, o posaconazol e o voriconazol parecem ser as drogas antifúngicas de escolha na profilaxia de IFI em transplante de células-tronco hematopoiéticas (TCTH). Entretanto, como não há disponibilidade do posaconazol no sistema público de saúde do Brasil, a opção mais viável continua sendo o voriconazol. Com relação à profilaxia de IFI em transplante de órgãos sólidos (TOS), observou-se que existem variações em função do órgão-alvo transplantado, sendo que no transplante renal (TR) nem há evidência da sua necessidade. Apesar dos azóis também serem os mais utilizados e trazerem benefícios evidentes nos transplantes de fígado (TF) e de pulmão (TP), alguns estudos atuais têm colocado as equinocandinas no mesmo patamar, encorajando mais seu uso para prevenção de IFI nesses pacientes. Conclusão: Uma vez que nos últimos 5 anos existe grande escassez de ensaios clínicos comparando diferentes profilaxias antifúngicas, novos estudos são necessários a fim de estabelecerem os protocolos mais adequados para cada condição e perfil de paciente transplantado.