Bước đầu ứng dụng phương pháp giải trình tự gen thế hệ mới trong phát hiện đa tác nhân ở trẻ có triệu chứng tiêu chảy cấp

Abstract

Bệnh tiêu chảy có tỷ lệ nhiễm và tử vong cao trong nhóm trẻ dưới 5 tuổi, đặc biệt là ở những nước đang phát triển như Việt Nam. Vi rút rota là một tác nhân quan trọng gây tiêu chảy bên cạnh trên 20 tác nhân vi khuẩn, vi rút và ký sinh trùng khác đã được xác định. Tuy nhiên có tới 20% những ca bệnh không xác định được nguyên nhân. Nghiên cứu này nhằm sử dụng phương pháp giải trình tự gen thế hệ mới (Nextgeneration sequencing - NGS) để phát hiện những tác nhân mới trong những ca bệnh tiêu chảy ở trẻ em. Mẫu phân của trẻ uống vắc xin rota mắc tiêu chảy được thu thập và sàng lọc một số tác nhân phổ biến bằng realtime RT-PCR và ELISA. Đồng thời, 3-4 mẫu của trẻ em Việt Nam và Bỉ được trộn lại để phân tích đa tác nhân bằng NGS. 25 và 15 nhóm tác nhân được phát hiện tương ứng ở mẫu bệnh phẩm của trẻ em Việt Nam và Bỉ. Bên cạnh các tác nhân vi rút quen thuộc họ Picornavirdae, Caliciviridae, phương pháp đã phát hiện một số vi rút không thường xuất hiện như vi rút thuộc họ Parvoviridae, một số thực khuẩn thể (bacteriophage) của V.cholera, Samonella trong các ca tiêu chảy ở cả Việt Nam và Bỉ. Như vậy phương pháp giải trình tự gen thế hệ mới có thể dùng để phát hiện đa tác nhân, bao gồm cả các tác nhântiềm năng.