Las actividades antrópicas a nivel mundial generan alteraciones en la calidad del agua de las cuencas hídricas, provocando enfermedades gastrointestinales a quienes se proveen del recurso para subsistir, por lo tanto esta investigación analizó la relación entre la calidad del agua y la salud de los habitantes del río Portoviejo en el cantón Santa Ana, mediante la obtención de tres muestras de agua en reservorios de abastecimiento, siendo almacenados en envases rotulados y transportados al laboratorio Centro de Servicios para el Control de Calidad (CESECCA) para el análisis físico, químicos y biológico; para determinar las enfermedades causadas por el consumo de agua del río Portoviejo, se obtuvo información del sub centro de salud parroquial y se aplicaron 60 encuestas dirigidas a la población para conocer la percepción con respecto a las variables salud y calidad del agua. Los resultados obtenidos muestran que los parámetros físicos, químicos y biológicos cumplen con los límites máximos permisibles por la normativa ecuatoriana, aunque acorde a la información obtenida del subcentro de salud del cantón Santa Ana se evidenció que la parasitosis intestinal es la enfermedad más frecuente, se especula que a pesar del cumplimiento con los límites máximos permisibles (LMP) se relaciona al consumo de agua sin previo tratamiento, mientras que la percepción de la ciudadanía es alta sobre la incidencia a la salud.