Introducción: los embalses deben ser concebidos como un conjunto de interacciones, donde la inestabilidad física, química y biológica determinan cambios en la densidad de las comunidades planctónicas. Objetivo: Evaluar la inestabilidad del fitoplancton y zooplancton y su interacción con factores ambientales en cuatro embalses tropicales andinos con diferente estado trófico. Métodos: se analizaron datos de variables físicas y químicas y de las densidades del fitoplancton y del zooplancton, medidas entre 2010-2018, en los embalses oligotróficos Punchiná y San Lorenzo y, entre 2013 y 2015, en el embalse hipereutrófico Porce II y en el embalse eutrófico Porce III (n = 248). Se empleó el Factor Shaping Community Assemblages (FCA por sus siglas en inglés), para calcular la inestabilidad biótica y ambiental y la interacción entre esta. Resultados: de acuerdo con el FCA, en los embalses estudiados hubo una alta inestabilidad ambiental y biológica. El pH, la saturación de oxígeno, el nitrógeno total, la temperatura del agua, los nitritos, el fósforo total (solo para el zooplancton) y los sólidos totales, son las variables abióticas con mayor aporte a la inestabilidad planctónica. Particularmente, Cryptomonas sp., Aulacoseira sp., Cyclotella sp., Dinobryon sp., Nephrocytium sp., Tetraëdron caudatum y Oscillatoria sp., tuvieron mayor influencia sobre la inestabilidad de diferentes taxones de rotíferos y de algunos copépodos. Conclusión: independiente del estado trófico, la dinámica del pH, la disponibilidad de nutrientes, la cantidad de sólidos suspendidos y la disponibilidad de gases como el oxígeno disuelto determinaron principalmente la inestabilidad del fitoplancton, y en menor medida la del zooplancton. En los embalses oligotróficos la inestabilidad del zooplancton es influenciada principalmente por algas altamente palatables con toxicidad nula, y en embalses altamente enriquecidos la inestabilidad fue influenciada por algas con baja calidad nutricional y de difícil ingestión y manipulación.