Nos períodos críticos de desenvolvimento do organismo, estímulos ambientais como o exercício físico e a dieta podem influenciar o fluxo placentário e o crescimento somático fetal. O objetivo do presente estudo foi avaliar as repercussões do treinamento físico e da desnutrição durante a gestação sobre os eixos cranianos de ratos neonatos. Ratos machos Wistar foram divididos de acordo com a manipulação de suas mães: não treinados controle (Cf, n = 25), treinados (Tf, n = 25), não treinados e desnutridos (Df, n = 25), treinados e desnutridos (TDf, n = 25). Mães treinadas (T e TD) foram submetidas a oito semanas de treinamento físico moderado antes e durante a gestação (60min/dia, cinco dias/sem a 65% do VO2max). Mães desnutridas (D e TD) receberam dieta hipoproteica durante a gestação (8% caseína) enquanto as nutridas (C e T) receberam dieta normoproteica (17% caseína). No primeiro dia pós-natal foi verificado número de filhotes nascidos por ninhada, peso da ninhada e peso ao nascer, eixo látero-lateral do crânio (ELLC) e anteroposterior do crânio (EAPC), eixo longitudinal do corpo (EL) e comprimento da cauda (CC) de cada neonato. No terceito dia pós-parto, os encéfalos foram extraídos e pesados. Durante a gestação, as fêmeas dos grupos T e D apresentaram menor ganho de peso em comparação ao grupo C na terceira semana (C = 34,4 ± 1,3; T = 30,7 ± 0,60; D = 25,8 ± 0,78; TD = 29,9 ± 0,83). Os grupos desnutridos apresentaram menor peso ao nascer em relação aos seus respectivos controles (Cf = 6,3 ± 0,1; Tf = 6,3 ± 0,1; Df = 4,7 ± 0,07; TDf = 5,0 ± 0,06). O grupo Df apresentou as medidas do ELLC (Cf = 9,8 ± 0,06; Tf = 9,8 ± 0,05; Df = 9,2 ± 0,04; TDf = 9,6 ± 0,13) e EAPC (Cf = 18,1 ± 0,1; Tf = 18,2 ± 0,1; Df = 17,5 ± 0,1; TDf = 18,0 ± 0,2) menores comparadas aos filhotes controles. Com base nos resultados, pode-se concluir que a desnutrição no período fetal alterou o desenvolvimento somático enquanto o treinamento físico influenciou positivamente os eixos do crânio dos conceptos.