Introdução: O exame anatomopatológico é feito rotineiramente em cirurgias orificiais e é importante para diagnosticar doenças anais concomitantes, lesões malignas e doenças sexualmente transmissíveis não previstas anteriormente no exame clínico. O gasto com estes exames é bastante significativo para o serviço público o que evidencia a necessidade de avaliar o custo/benefício da sua utilização rotineira. Objetivos: Avaliar o tempo decorrido entre a entrega do material e a emissão do laudo, o nível de concordância entre a impressão diagnóstica e a conclusão do anatomopatológico, a importância clínica das patologias diagnosticadas secundariamente, o custo de realização dos exames e a relação custo/benefício dos mesmos. Metodologia: Estudo descritivo e retrospectivo de 173 exames anatomopatológicos de pacientes do Hospital Universitário de Aracaju realizados de 2005 a 2007, que foram submetidos à cirurgias orificiais. Resultados: O nível de concordância entre a impressão diagnóstica e a conclusão do anatomopatológico foi elevada e, dos laudos discordantes, poucos apresentaram relevância clínica, havendo somente um caso de neoplasia anorretal. Houve um atraso significativo na emissão dos laudos, sugerindo sobrecarga do serviço e o custo/benefício para realização dos exames foi desfavorável. Conclusão: Sugerimos triagem para um uso racional e criterioso do exame anatomopatológico em cirurgias orificiais baseada na história clínica e fatores de risco do paciente.