Capnocytophaga canimorsus e Capnocytophaga cynodegmi são bacilos Gram-negativos encontrados na microbiota oral de cães e gatos capazes de infectar humanos através de mordidas, lambidas ou contato próximo aos animais. As manifestações clínicas vão desde inflamação local da lesão a sepse, podendo ser seguida por óbito em humanos. O objetivo do trabalho foi detectar C. canimorsus e C. cynodegmi em amostras de curetagem subgengival de cães domiciliados atendidos em um Hospital Veterinário Público no Brasil, através da técnica de PCR. De 121 amostras testadas, a prevalência de C. canimorsus foi de 19% e de C. cynodegmi foi de 66,94%. Houve associação significativa entre a presença de C. cynodegmi e doença periodontal avançada. Conclui-se que os microrganismos estão circulantes na microbiota oral de cães domiciliados do Brasil, o que representa um risco à saúde pública devido ao seu potencial zoonótico. Visto a falta de estudos sobre esses microrganismos no país, se faz necessária a realização de pesquisas para compreender a patogenia, manifestações clínicas, diagnóstico e tratamento de infecções por C. canimorsus e C. cynodegmi no Brasil, visando a Saúde Única.