Os metais pesados têm se tornado uma problemática, devido a sua capacidade de em contato com seres vivos desenvolver processos de bioacumulação e biomagnificação, bem como, processos de poluição e/ou contaminação pontual e difusa. No entanto, os elementos químicos que compõe a classes dos metais pesados, em pequenas quantidades são necessárias ao bom funcionamento dos organismos vivos, bem como, os mesmos apresentam-se como componentes naturais de rochas e solos, que em processos de dissolução tornam-se disponíveis ao ambiente, estando no solo e na água. Dessa forma, o presente estudo objetiva avaliar se os teores elevados de Fe e Mn dissolvidos na água da Bacia Hidrográfica do Epaminondas, no município de Pelotas/RS. Para isso, foram utilizados índices ambientais que indicam se os teores observados são provenientes de fonte natural ou antrópica, e se estes teores já provocam a contaminação do ambiente em estudo. Foram realizadas coletas de sedimentos em suspensão e de fundo na bacia em estudo, em cinco pontos de coleta e nestes sedimentos procedeu-se caracterização química e a partir dos teores de Cu, Fe, Mn e Zn elaborou-se o Índice de Geoacumulação, Fator de Enriquecimento, Fator de Contaminação, Grau de Contaminação, Grau de Contaminação modificado e Índice de Carga Poluidora. Após a elaboração dos índices propostos, observou-se que os teores encontrados ainda não são considerados contaminantes e que os elementos dissolvidos provêm de fonte natural.