A temperatura da água é um fator determinante durante a alocação dos animais em cativeiro, sendo apontada como temperatura ideal quando os valores estão entre 27 e 30 ºC. Objetivou-se neste trabalho diagnosticar e comparar condições de padrões termográficos em recintos com filhotes de peixes-boi-da-amazônia (Trichechus inunguis) sob diferentes condições de sombreamento para subsidiar possíveis estratégias de manejo desses animais em períodos de reabilitação. O estudo foi desenvolvido na unidade zoológica da Universidade da Amazônia (ZOOUNAMA), em Santarém, oeste do Pará, durante o período de monitoramento. Para subsidiar as avaliações comportamentais dos animais foram realizados diagnósticos com termografia no infravermelho próximo visando identificar padrões térmicos em dois recintos, um à plena exposição solar (A) e outro contendo mais sombra (B), obtendo-se imagens nos horários de maior incidência dos raios solares na camada hídrica mais superficial e nas bordaduras. Estavam sendo reabilitados dois animais na piscina A e três na piscina B. Verificou-se diferença significativa na temperatura correspondente à parede da piscina A em comparação à piscina B, indicando efeitos da incidência direta dos raios solares, com valores de 41,3 e 35,3 °C, respectivamente. As temperaturas nas bordas da piscina A apresentaram valores médios superiores às respostas térmicas na borda da piscina B. A termografia no infravermelho próximo é uma ferramenta de fácil utilização para diagnosticar os possíveis efeitos da temperatura no comportamento dos animais em reabilitação no estado do Pará.