A Serra do Japi é um importante remanescente da Mata Atlântica paulista, cujos ativos ambientais englobam a biodiversidade e a produção de água, com potencial para abastecimento público. O presente estudo avaliou a ocorrência de áreas contaminadas que possam interferir na qualidade da água no Território de Gestão da Serra do Japi, em Jundiaí. Utilizou-se dados da Companhia Ambiental do Estado de São Paulo, referentes às áreas com águas subterrâneas contaminadas, e do Departamento de Água e Energia Elétrica, referentes aos poços outorgados do município. Através de geoprocessamento, realizou- se a espacialização dos dados e análise das possíveis interferências. Foram identificadas 81 áreas contaminadas e 335 poços outorgados em Jundiaí, sendo que não há áreas contaminadas no entorno da Serra do Japi. A espacialização indicou 103 casos de sobreposições entre as áreas contaminadas e poços nas regiões norte e central do município. Os resultados sugerem que os instrumentos de proteção da Serra do Japi inibem a instalação de fontes poluidoras na região, ao que tais instrumentos podem ser aperfeiçoados. Da existência de poços próximos a áreas contaminadas em demais regiões do município, estes representam um impacto sobre o ambiente e a saúde humana, sendo necessários estudos aprofundados e fiscalização para mitigar o problema.