RESUMO O objetivo do presente estudo é investigar a distribuição temporal das taxas de malformações congênitas no estado do Rio Grande do Sul e sua associação com o uso de agrotóxicos. A pesquisa é de abordagem quantitativa, do tipo descritivo exploratória, realizada durante o primeiro semestre de 2022. O estudo foi conduzido através da associação da ocorrência de malformações com o uso de agrotóxicos, que foi calculada por meio dos Odds Ratios, sendo o Intervalo de Confiança (IC) adotado para as amostras de 95%. Houve variação nas taxas de malformações congênitas ao longo dos cinco períodos analisados. Os resultados indicam que há probabilidade da ocorrência de malformações no estado do Rio Grande do Sul estar associada ao uso de agrotóxicos. Todos os valores de variações percentuais anuais foram significativos e a presença de valores positivos indica tendência de aumento anual da incidência de malformações congênitas no Rio Grande do Sul. É evidente ainda que há variabilidade no número de casos notificados para todas as malformações incluídas no estudo ao longo do período analisado. Ressalta-se a importância de prevenção da exposição aos agrotóxicos, visto que o uso extensivo e inadequado desses está associado a efeitos deletérios na saúde humana.