No solo, a região da rizosfera em comparação com a massa de solo apresenta marcado contraste biológico, sendo um nicho de grande densidade e diversidade de microorganismos. Alguns fungos e bactérias benéficos ao desenvolvimento vegetal têm capacidade de colonizar o interior de plantas a partir do solo, conhecidos como organismos endofíticos. Possivelmente sejam as bactérias nodulíferas, com sua reconhecida capacidade de fixar N em leguminosas as mais conhecidas. Bactérias não nodulíferas tem a capacidade de colonizar o interior das raízes das plantas através de regiões de crescimento, em seguida, podem ser carregadas via xilema rumo à parte aérea. Podem ser encontrados em todos os órgãos vegetais, todavia, poucos estudos têm analisado as populações que transitam no continuum solo-planta até atingir caules, folhas, flores, frutos e sementes. O ultimo grupo de organismos endofíticos apresentado é o grupo dos fungos micorrízicos, esses se caracterizam como um sistema de exploração do solo paralelo ao sistema radicular que, com diâmetro extremamente reduzido conseguem minar um grande volume de solo com pequena alocação de C, o que é extremamente benéfico na aquisição de nutrientes, também podem ser benéficos em condições abióticas adversas. Em adição, alguns fungos endofíticos benéficos também podem colonizar órgãos aéreos das plantas. As interações microbiológicas que ocorrem na endosfera são altamente complexas, simultâneas e dependentes de uma série de fatores, assim seu entendimento é de fundamental importância à aplicação prática dos conhecimentos acerca de microorganismos endofíticos em agrossistemas.