A água subterrânea, embora possa estar protegida pelo meio natural, também pode ser contaminada, especialmente em razão de aterros sanitários, despejos industriais e domésticos, atividades agrícolas e minerais, entre outras. Nesse contexto, esse estudo teve por objetivo avaliar a susceptibilidade à contaminação das águas subterrâneas no município de Ijuí no oeste do Rio Grande do Sul utilizando-se do método IS (índice de susceptibilidade) frente às áreas de preservação permanente hídricas (APPh). A susceptibilidade foi determinada a partir do método IS, que avalia os parâmetros de recarga, profundidade do nível freático, declividade, material do aquífero e uso do solo. Devido à importância das APPh na recarga do aquífero, estas foram identificadas e analisadas com especial interesse. O índice de susceptibilidade indicou que 0,36% da área total do município apresentou susceptibilidade classificada como muito baixa, 11,22% como baixa, 50,12% de moderada à baixa, 37,97% de moderada à alta e apenas 0,30% elevada. Cerca de 7% da área total do município foi identificada como área de preservação permanente, sendo que deste percentual, a maior parcela encontra-se na classe de susceptibilidade de moderada à alta (3,29%), e o restante das áreas de preservação permanente se enquadraram na classe de susceptibilidade baixa. A ferramenta metodológica utilizada mostrou-se importante na identificação de áreas de maior susceptibilidade à contaminação do aquífero, e a importância da manutenção das áreas de preservação permanente no município de Ijuí, RS.