La cuenca Salí-Dulce es una de las principales del Noroeste de Argentina y en su recorrido se ve afectada debido a la incorporación de sustancias contaminantes. En los ecosistemas acuáticos continentales las diatomeas constituyen un grupo destacado. Su biología y taxonomía son adecuadas para su uso en el biomonitoreo. El objetivo fue caracterizar la dinámica y la composición de las taxocenosis de diatomeas y su relación con variables ambientales en los arroyos Mista y Calimayo, pertenecientes a la cuenca del río Salí-Dulce (Tucumán-Argentina). Para esto se seleccionaron tres sitios en cada arroyo y se tomaron datos de variables ambientales y biológicas según metodologías convencionales. La calidad del agua fue variable según el aporte de contaminantes y la estacionalidad climática. El ensamble de diatomeas resultó ser una taxocenosis bioindicadora sensible a las características ambientales de los arroyos. En este trabajo se registraron 61 especies de las cuales 11 serían buenas indicadoras del estado de contaminación. El uso de dos índices bióticos permitió afirmar que el Índice de Diatomeas Pampeano modificado según datos propios, resultó más sensible y eficaz en la determinación de la calidad del agua, por lo que se podría considerar como una herramienta diagnóstica, de seguimiento de la calidad del agua y de planificación que serviría para brindar información válida y de fácil aplicación en cuencas del Noroeste de Argentina.