El frijol común representa un cultivo básico en México con una gran variabilidad en sus características morfológicas. En estudios sobre la diversidad genética se han usado marcadores moleculares, entre los que se encuentran los RAPD. El presente trabajo tuvo como objetivo caracterizar mediante caracteres morfológicos, agronómicos, de calidad y marcadores RAPD, variedades de frijoles nativos cultivadas en diferentes comunidades del estado de Puebla. La extracción de ADN se realizó en una muestra de hojas jóvenes de las variedades sembradas bajo invernadero. Se utilizaron 7 iniciadores RAPDs de la serie OPERON Technologies. Las bandas polimórficas se codificaron por presencia y ausencia. Con el programa NTSYS pc 2.2 se generó un dendograma empleando el índice de similitud de Dice, con nivel de corte a un valor de 0.48, donde se definieron 13 grupos. Seis grupos estuvieron integrados por una variedad, 4 grupos por 2 variedades, 2 grupos por 3 variedades y un grupo formado por 7 variedades. Los grupos definidos se integraron por colores de grano distintos y coincidieron en otras características morfológicas como días a f loración, tiempo de cocción y contenido de proteína.