Introducción. El cambio climático puede alterar las reservas de carbono (C) almacenado en los sistemas agroforestales con café. Objetivo. Simular las reservas de C en la biomasa aérea (ABOC) y suelo (COS) a una proyección de cincuenta años bajo la línea base y con escenarios de cambio climático en sistemas agroforestales con café, mediante el modelo CO2Fix. Materiales y métodos. En el año 2020, se estableció la línea base de C total (ABOC + COS) en veinticinco parcelas de café orgánico de la Sociedad Catuaí Amarillo S. de S.S, Chocamán, Veracruz, México. Las parcelas se clasificaron en tres diseños agroforestales: D1 (árboles de sombra-café en laderas), D2 (árboles de sombra-café-plátano en laderas) y D3 (árboles de sombra-café-plátano en el valle). Se utilizó el modelo CO2Fix para simular las reservas de C total a una proyección de cincuenta años bajo la línea base y con escenarios de cambio climático en los tres diseños agroforestales con café. Resultados. El C total en la línea base fue de 124,59, 107,43 y 102,320 t ha-1, para D1, D2 y D3, respectivamente. Se presentaron disminuciones entre 0,77 y 8,75 t ha-1 en las reservas de C total bajo escenarios de cambio climático en los tres diseños agroforestales evaluados. No hubo diferencias estadísticamente significativas entre los diseños agroforestales en la línea base y bajo escenarios de cambio climático. Aunque se constataron variaciones, las reservas de C total se mantuvieron a lo largo del tiempo. La cohorte de árboles fue la principal fuente de almacenaje del C total. Conclusión. Fue posible simular, en una proyección de cincuenta años, las reservas de carbono en la biomasa aérea y suelo en la línea base, bajo los diferentes escenarios de cambio climático, mediante el uso del modelo CO2Fix, en sistemas agroforestales con café de la Sociedad Catuaí Amarillo S. de S.S.