Introducción: una de las principales infecciones bacterianas en la población pediátrica es la infección urinaria (ITU). Factores asociados como reflujo vesicoureteral (RVU), valvas de la uretra posterior, vejiga neurogénica y otras malformaciones anatómicas aumentan la probabilidad de desarrollar cicatrices renales y displasia/hipoplasia, lo que a su vez eleva el riesgo de hipertensión arterial (HTA), proteinuria y enfermedad renal crónica (ERC) a largo plazo. Objetivo: describir las malformaciones asociadas a ITU y la frecuencia de desarrollo de ERC en pacientes pediátricos que consultaron al Hospital Universitario San Vicente de Paúl entre 1960 y 2010. Metodología: estudio descriptivo, retrospectivo, en el que se evaluaron 4.476 registros de pacientes con diagnóstico de ITU. Resultados: los pacientes con anomalías de las vías urinarias correspondieron al 78,3% (con predominio de mujeres: 52,8%). Se encontró RVU primario en 29,9%; de estos 5,1% evolucionaron a ERC. La vejiga neurogénica se diagnosticó en 8,1%, de los cuales 70,8% fueron secundarios a mielomeningocele y 4,9% desarrollaron ERC. Las valvas de la uretra posterior se presentaron en 3,5% de la muestra total, de los cuales el 28,5% llegaron a ERC. Conclusión: la ITU en la población pediátrica es un marcador de malformación de la vía urinaria y su pronóstico está determinado por la presencia de RVU, anomalías obstructivas y/o displasia renal que favorecen la aparición de cicatrices renales y aumentan el riesgo de HTA, proteinuria y ERC. Un enfoque diagnóstico adecuado permitiría establecer estrategias de manejo con el objetivo de evitar el deterioro de la función renal.