ABSTRACT. In vivo chlorophyll fluorescence associated to Photosystem II is being used to evaluate photosynthetic activity of microalgae grown in different types of photobioreactors; however, controversy on methodology is usual. Several recommendations on the use of chlorophyll fluorescence to estimate electron transport rate and productivity of microalgae grown in thin-layer cascade cultivators and methacrylate cylindrical vessels are included. Different methodologies related to the measure of photosynthetic activity in microalgae are discussed: (1) measurement of light absorption, (2) determination of electron transport rates versus irradiance and (3) use of simplified devices based on pulse amplitude modulated (PAM) fluorescence as Junior PAM or Pocket PAM with optical fiber and optical head as measuring units, respectively. Data comparisons of in vivo chlorophyll fluorescence by using these devices and other PAM fluorometers as Water-PAM in the microalga Chlorella sp. (Chlorophyta) are presented. Estimations of carbon production and productivity by transforming electron transport rate to gross photosynthetic rate (as oxygen evolution) using reported oxygen produced per photons absorbed values and carbon photosynthetic yield based on reported oxygen/carbon ratio are also shown. The limitation of ETR as estimator of photosynthetic and biomass productivity is discussed. Low cost:quality PAMs can promote monitoring of chlorophyll fluorescence in algal biotechnology to estimate the photosynthetic activity and biomass productivity. Keywords: absorptance, biomass productivity, electron transport rate, PAM fluorescence, photosynthetic yield.Uso de la fluorescencia de la clorofila in vivo para estimar la actividad fotosintética y productividad de la biomasa en microalgas crecidas en diferentes sistemas de cultivo RESUMEN. La fluorescencia de la clorofila in vivo asociada al Fotosistema II se emplea para la determinación de la actividad fotosintética en microalgas crecidas en distintos tipos de fotobiorreactores pero existe controversia sobre la metodología más apropiada. En este trabajo se hacen varias recomendaciones sobre su uso para estimar la tasa de transporte electrónico (ETR) y la productividad de la biomasa en algas crecidas en cultivadores de cascada de capa fina y en recipientes cilíndricos de metacrilato. Se discuten diferentes medidas asociadas a la metodología de la actividad fotosintética: (1) medidas de absorción de luz, (2) determinación de ETR versus irradiancia, y (3) uso de equipos simplificados basados en fluorescencia por pulso de amplitud modulada (PAM) como el Junior PAM o Pocket PAM, con fibra óptica o cabezal óptico como unidades de medida, respectivamente. Se comparan los datos de fluorescencia in vivo en la microalga Chlorella sp. (Chlorophyta) con los de otros fluorímetros como el Water PAM. Se estima la producción de carbono y productividad de la biomasa mediante la transformación del ETR en producción bruta de oxígeno usando valores teóricos de oxígeno producido por fotones absorbidos y l...