El mesocarpio de coco es un material residual de la producción de nuez de coco en la Costa Pacífica Caucana; sin embargo, a partir del mesocarpio se pueden extraer fibra y médula de coco, esta última cuenta con un alto potencial de aprovechamiento para la elaboración de sustratos de cultivo. El presente estudio tiene como objetivo realizar una caracterización morfológica, física y de fitotoxicidad de la médula de coco, proveniente de muestras de coco de los municipios de Guapi, López de Micay y Timbiquí, Costa Pacífica Caucana, de las variedades típica, malayo e híbrida. A nivel morfológico, la proporción del mesocarpio respecto al fruto no difirió entre las plantas y osciló entre un 35.27 % a 48.48 %; el tamaño de partícula con una proporción mayor a 2.0 mm y menor a 0.24 mm se encontró en las muestras T-A2 y G-A2, respectivamente, mientras que los parámetros de capacidad de retención de agua, densidad aparente, pH y conductividad eléctrica, se mantuvieron similares en todas las muestras, con valores entre 92.73 ± 0.04 a 94.55 ± 0.03 % p/p; 0.04 a 0.0528 g/cm3; 5.593 a 6.032 y 3.51 y 3.83 dS/m, respectivamente. Por su parte, el índice de vitalidad de Munoo-Liisa estuvo en un margen similar al control (%MVL = 100), y solo se presentó un leve efecto inhibitorio en el grado de germinación en la dilución 1.0 g/L, con lo cual, no hay un riesgo directo sobre las plantas y puede ser un material aprovechable en la elaboración de un sustrato de cultivo.