Changes in the genome of African swine fever virus (Asfarviridae: Asfivirus: African swine fever virus) associated with adaptation to reproduction in continuous cell culture

Abstract

Введение. Возбудитель африканской чумы свиней (Suidae) (АЧС) -крупный (175-215 нм) двухцепочечный ДНК-вирус, относящийся к семейству Asfarviridae. К настоящему времени секвенирован и подробно проанализирован только геном штамма BA71V, адаптированного к клеточной культуре Vero. Целью данной работы явился сравнительный анализ полногеномного сиквенса исходного изолята вируса АЧС Odintsovo 02/14 и 2 штаммов, полученных на уровне 30 и 50 пассажей и адаптированных к росту в клеточной культуре CV-1. Материал и методы. В работе использованы различные варианты вируса АЧС: исходный изолят Odintsovo 02/14 и 2 штамма адаптированного вируса: ASFV/ARRIAH/CV-1/30 и ASFV/ARRIAH/CV-1/50. Библиотеку последовательностей конструировали с использованием набора «Nextera XT DNA library preparation kit» («Illumina», США). Результаты. Длина геномов штаммов ASFV/ARRIAH/CV-1/30 и ASFV/ARRIAH/CV-1/50 составила 186 529 и 186 525 п.н. соответственно. Всего между исходным и адаптированными вариантами обнаружены 78 однонуклеотидных полиморфизмов (single nucleotide polymorphisms, SNP); кроме того, установлено наличие крупноразмерной делеции величиной 2947 п.н. в правом (3'-концевом) вариабельном регионе у обоих адаптированных штаммов. Обсуждение. Возбудитель АЧС как ДНК-содержащий вирус может не иметь высокого мутационного статуса. Однако в данном исследовании повторно установлено, что адаптация этого инфекционного агента к росту в перевиваемой культуре клеток (КК) приводит к появлению крупноразмерной делеции в 3'-вариабельной области генома. Заключение. В связи с недостаточной изученностью данной проблемы необходимо проведение дополнительных исследований, что позволит подтвердить имеющиеся данные относительно влияния каждой из описанных мутаций на характер размножения вируса и степень его вирулентности.

Novel Protocol for the Preparation of Porcine Bone Marrow Primary Cell Culture for African Swine Fever Virus Isolation

“…To validate this cell culture for ASFV isolation and titration, different viruses were used to infect PBMP and porcine spleen cell culture (PSC) (n = 3) [29,30]. The viruses used included Arm07 (Genotype II), ASFV/ARRIAH/CV-30 (Genotype II, adapted to CV-1 cell culture by performed 30 consecutive passages) [29], Lisbon 60 (Genotype I), K49 (Genotype I), and Mozambique-78 (Genotype V), as well as 18 other isolates taken from different regions of the Russian Federation and all representing Genotype II (Supplementary Table S1). The 96-well cell culture plates were infected at 100 HADU 50 /cm 3 , and titer (in lg HADU 50 /cm 3 ) was calculated on the fifth day after inoculation as described by de Leon et al in 2013 [4].…”

CURRENT APPROACHES TO THE VACCINE DEVELOPMENT FOR AFRICAN SWINE FEVER (review)

“…Адаптация изолята Odintsovo 02/14 на перевиваемой культуре клеток CV-1 в течение 30 последовательных пассажей (вирус назван АЧС/ВНИИЗЖ/CV-1/30) привела к снижению гемадсорбции с 40-50 до 20-30 эритроцитов, прикрепленных к инфицированной клетке. Заражение свиней таким вариантом показало снижение летальности до 16,7 % и устойчивость выживших животных к контрольному заражению вирулентным изолятом Arm 07 (46)(47)(48).…”