Characteristics of Breed Component of Ayrshire Herd of Pc «bp of V. I. Chapaeva» of Krasnodar Region

Kuznetsov, Artur; Tulinova, Olga V.

doi:10.31043/2410-2733-2019-2-24-29

Cited by 1 publication

(1 citation statement)

References 0 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…Стандартизированные оценки по P. W. Hedrick (G' ST(HED) и G'' ST(HED) ) более корректны, чем оценки методами группы А (F ST , G ST и G ST(NEI) ), т. к. при высоких значениях cH S приближаются к таковым по D EST (r = 0,93; p value < 0,0001). Считается, что G' ST(HED) и G'' ST(HED) статистики могут быть полезны при сравнении генетической дифференциации популяций разных видов, с разными эффективными размерами, при использовании генетических маркеров, отличающихся по темпам мутирования, как STR и SNP [32].…”

Section: оригинальные статьи: зоотехния / оRiginal Scientific Articleunclassified

Comparison of methods for evaluating genetic differentiation of populations by microsatellite markers

Kuznetsov

2020

Аграрная наука Евро-Северо-Востока

View full text Add to dashboard Cite

Сравнение методов оценки генетической дифференциации популяций по микросателлитным маркерам © 2020. В. М. Кузнецов ФГБНУ «Федеральный аграрный научный центр Северо-Востока имени Н. В. Рудницкого», г. Киров, Российская Федерация Проведены сравнительные исследования восьми методов оценки генетической дифференциации по микросателлитным (STR) маркерам (11 локусов) ДНК на примере семи породных выборок (N = 84) молочного скота. Диапазон показателей генетического разнообразия выборок был: числа аллелей на локус -3,5-6,2, числа эффективных аллелей на локус -2,4-4,3, индекса Шеннона -0,95-1,56, наблюдаемой и ожидаемой гетерозиготности -0,56-0,97 и 0,53-0,75. Сводные оценки генетической дифференциации методами группы А (F ST , G ST и G ST(NEI) ) составили 13,4, 10,3 и 11,8 % (p perm < 0,001); различия между оценками были статистически незначимыми. Оценки методами группы В (G' ST(HED) , G'' ST(HED) , D EST ) составили 36,4, 37,5 и 29,2 % (p perm < 0,001); различия между оценками также были статистически незначимыми. Оценки, полученные методами группы В, статистически значимо превышали оценки методами группы А почти в 3 раза. Методами групп А, В и С (GDN и uGDN) были рассчитаны парные по выборкам генетические дистанции. Несмотря на значительные различия в оценках, тест Мантеля показал высокую степень соответствия матриц генетических дистанций (R M ≥ 0,97; p perm < 0,001), которая проявилась в проекциях генетических отношений породных выборок на плоскости 1 и 2 главных координат. В совокупности две первые главные координаты объясняли 97-99 % STR-изменчивости в матрицах генетических дистанций. Можно полагать, что при оценке текущей дифференциации популяций по STR-маркерам следует использовать методы группы В. Из них -D EST -статистику, как не зависящую от уровня внутрипопуляционной гетерозиготности. При исследовании пространственной ординации генофондов популяций, по всей вероятности, правомерно использовать любой метод.Ключевые слова: микросателлиты, разнообразие, генная дифференциация, генетическая дистанция, анализ главных координат, животноводство Благодарности: работа выполнена в рамках Государственного задания ФГБНУ «Федеральный аграрный научный центр Северо-Востока имени Н. В. Рудницкого» (тема № АААА-А19-119042290136-4).Конфликт интересов: автор заявил об отсутствии конфликта интересов. Для цитирования: Кузнецов В. М. Сравнение методов оценки генетической дифференциации популяций по микросателлитным маркерам. Аграрная наука Евро-Северо-Востока. 2020;21(2):169-182. : the number of alleles per locus 3.5-6.2, the number of effective alleles per locus -2.4-4.3, the Shannon index -0.95-1.56, the observed and expected heterozygosity -0.56-0.97 and 0.53-0.75. Evaluation summary of genetic differentiation by group A methods (F ST , G ST , and G ST(NEI) ) were 13.4, 10.3, and 11.8% (p perm < 0.001); the differences between the estimates were statistically insignificant. Estimates by group B methods (G' ST(HED) , G'' ST(HED) , D EST ) were 36.4, 37.5 and 29.2% (p perm < 0.001); differences between the estimates were also...

show abstract

Section: оригинальные статьи: зоотехния / оRiginal Scientific Articleunclassified

Comparison of methods for evaluating genetic differentiation of populations by microsatellite markers

Kuznetsov

2020

Аграрная наука Евро-Северо-Востока

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

Characteristics of Breed Component of Ayrshire Herd of Pc «bp of V. I. Chapaeva» of Krasnodar Region

Cited by 1 publication

References 0 publications

Comparison of methods for evaluating genetic differentiation of populations by microsatellite markers

Comparison of methods for evaluating genetic differentiation of populations by microsatellite markers

Contact Info

Product

Resources

About