Characterization and genetic distance analysis of cassava (Manihot esculenta Crantz) germplasm from Mozambique using RAPD fingerprinting

Zacarias, Anabela; Botha, Anna‐Maria; Labuschagne, Maryke; Benesi, I. R. M.

doi:10.1023/b:euph.0000047057.05642.74

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“…Marcadores moleculares vêm sendo utilizados com eficiência na estimativa da variabilidade genética em mandioca (FERREIRA et al, 2008;VIEIRA et al, 2008a;ZACARIAS et al, 2004), pois apresentam ampla capacidade de acessar as informações contidas no genoma. Além dos marcadores, caracteres fenotípicos também são utilizados na caracterização de acessos (ALBUQUERQUE et al, 2009;NICK et al, 2008;VIEIRA et al, 2008a).…”

Section: Introductionunclassified

Caracterização molecular de acessos de mandioca biofortificados com potencial de uso no melhoramento genético

Vieira¹,

Fialho²,

Faleiro³

et al. 2011

Rev. Ciênc. Agron.

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Section: Introductionunclassified

Caracterização molecular de acessos de mandioca biofortificados com potencial de uso no melhoramento genético

Vieira¹,

Fialho²,

Faleiro³

et al. 2011

Rev. Ciênc. Agron.

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“…A elevada variabilidade genética dos acessos observada com base em marcadores moleculares é explicada pela dimensão continental do Brasil e da grande diversidade ambiental (solo e clima) e cultural (diferentes usos da mandioca) com a qual a mandioca evoluiu. A alta variabilidade genética de acessos de mandioca e a eficiência da técnica de RAPD na detecção de tal variabilidade têm sido verificada em vários trabalhos (Colombo et al, 2000;Asante & Offei, 2003;Costa et al, 2003;Zacarias et al, 2004;Ferreira et al, 2008).…”

Section: Resultsunclassified

“…A técnica de RAPD também se mostrou eficiente na discriminação dos acessos em função do fenótipo açúcares nas raízes, uma vez que nenhum acesso não açucarado agrupou-se com acessos açucarados no primeiro nível hierárquico, o que, provavelmente, seja reflexo desses acessos terem uma origem e domesticação diferenciada. Esse resultado é interessante uma vez que muitos estudos têm revelado a inexistência de associação entre o local geográfico de coleta de acessos de mandioca e as distâncias genéticas estimadas por meio de marcadores moleculares (Mühlen et al, 2000;Assante & Offei, 2003;Costa et al, 2003;Zacarias et al, 2004;Ferreira et al, 2008). Entretanto, Tabela 2 -Iniciadores utilizados para obtenção dos marcadores RAPD, respectivo número de bandas polimórficas, número de bandas monomórficas, conteudo de informação de polimorfismo (CIP) e indíce do marcador (IM).…”

Section: Resultsunclassified

“…Em mandioca, os marcadores moleculares vêm sendo utilizados com elevada frequência na estimativa da variabilidade genética dentro da espécie Manihot esculenta Crantz (Assante & Offei, 2003;Costa et al, 2003;Zacarias et al, 2004;Ferreira et al, 2008) ou entre diferentes espécies do gênero Manihot (Colombo et al, 2000;Carvalho & Schaal, 2001;Olsen, 2004), uma vez que estes apresentam ampla capacidade de acessar as informações contidas no genoma de um organismo. Em mandioca, também vêm sendo utilizados caracteres fenotípicos em associação com as técnicas multivariadas, na quantificação da variabilidade genética em mandioca (Mkumbira et al, 2003;Nick et al, 2008).…”

Section: Introductionunclassified

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Caracterização molecular de acessos de mandioca açucarados e não açucarados

et al. 2011

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RESUMOAcessos de mandioca que armazenam açúcares livres em suas raízes de reserva e não somente amido, como os acessos de mandioca cultivados comercialmente, vêm recebendo destaque atualmente. Esses acessos são popularmente conhecidos como mandiocas açucaradas ou mandiocabas, e evidenciam potencial de uso na produção de álcool combustível. Entretanto, esse germoplasma ainda não foi suficientemente estudado quanto àsua variabilidade genotípica, o que é fundamental para sua conservação e utilização no melhoramento genético. Neste tabalho, objetivou-se caracterizar por meio de marcadores RAPD 14 acessos de mandioca açucarados e não açucarados. Em laboratório, os acessos foram avaliados por meio de 12 iniciadores RAPD. Posteriormente, foi estimada a matriz de dissimilaridade genética entre os acessos, por meio da utilização do complemento do índice de Jaccard. Os iniciadores geraram 131 marcadores RAPD, dos quais 73% foram polimórficos, evidenciando a existência de variabilidade e a eficiência da técnica de RAPD. Os acessos mais similares foram BGMC 1207 e BGMC 1209, ambos açucarados e os menos similares foram o açucarado BGMC 1219 e a cultivar BGMC 436. Os acessos foram divididos em quatro grupos, sendo o primeiro grupo formado pelos 10 acessos açucarados, o segundo grupo formado por dois acessos locais não açucarados, o terceiro e o quarto foram formados pelos acessos melhorados BGMC 753 e BGMC 436. Os resultados obtidos revelaram a existência de elevada variabilidade genética entre os acessos avaliados e diferenciaram os acessos açucarados das cultivares locais não açucaradas e das cultivares comerciais não açucaradas. Termos para indexação:Manihot esculenta Crantz, recursos genéticos, melhoramento genético, variabilidade genética. ABSTRACTEmphasis has been given lately to cassava accessions that accumulate free sugars in their storage roots, besides starch, such as the commercial cultivars. These accessions are popularly known as sugary cassavas or "mandiocabas", and present a high potential for the use in ethanol biofuel production. Nevertheless, this germplasm was not yet sufficiently studied regarding its genotypic variability, which is of fundamental importance for its conservation and use in genetic improvement. The objective of this work was to characterize, via RAPD marker, 14 sugary and non-sugary cassava accessions. Within Laboratory conditions, the accessions were evaluated by using 12 RAPD primers. Afterwards, the matrix of genetic dissimilarity among the acessions was estimated by using the complement of Jaccard index. The primer generated 131 RAPD markers, among which 73% were polymorphic, highlightening the existence of genetic variability and efficiency of the RAPD technique. The most similar accessions were BGMC 1207 and BGMC 1209, both sugary ones, and the least similar, the sugary accession BGMC 1219 and the cultivar BGMC 436. The accessions were divided into four groups, the first group was composed by the 10 sugary accessions, the second group consistecs of two local nonsugary accessions, the...

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“…Vários estudos com marcadores moleculares têm sido realizados no Brasil e em outros países, com RADP (CARVALHO; SCHAAL, 2001;COLOMBO et al, 1998;COSTA et al, 2003;MÜHLEN et al, 2000;ZACARIAS et al, 2004), com AFLP (MÜHLEN et al, 2000 e com microssatélites (CARVALHO; SCHAAL, 2001;MKUMBIRA et al, 1998;MÜHLEN et al, 2000;SIQUEIRA et al, 2009). Verifica-se que além da capacidade de gerar altos níveis de polimorfismo, os microssatélites apresentam: alta reprodutibilidade, simplicidade e rapidez da técnica, pequena quantidade de DNA requerida, baixo custo de utilização e grande poder de resolução (OLIVEIRA et al, 2006), e ainda apresentam variabilidade de locos bastante superior à detectada pelos marcadores RAPD ou AFLP (MÜHLEN et al, 2000).…”

Section: Introductionunclassified

Caracterização de clones de mandioca utilizando marcadores microssatélites

Oliveira¹,

Baliza²,

Souza³

et al. 2012

Rev. Ciênc. Agron.

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Resumo -As características dos clones utilizados no cultivo da mandioca variam de acordo com a aptidão comercial da cultura, ou seja, para o processo industrial e consumo humano "in natura". O presente trabalho objetivou identificar clones novos de mandioca obtidos por policruzamento na Universidade Federal de Lavras (UFLA) em 1998 com relação a essas aptidões. Para tanto, procurou-se identificar clones com padrões moleculares semelhantes aos padrões apresentados pelos clones comerciais. A metodologia utilizada para a extração do DNA e obtenção dos padrões de bandas foi a mesma recomendada para a técnica de marcador molecular microssatélite. A caracterização molecular dos clones de mandiocas do acesso UFLA e clones comerciais apresentou uma distribuição de similaridade concentrada em dois grupos. Um grupo é composto pelos clones comerciais de consumo humano "in natura" Baiana, Casca-roxa e IAC 576-70, e os acessos UFLA 7, UFLA E, UFLA 22 e UFLA 55. Outro grupo é composto pelos clones comerciais para processo industrial, FIBRA, IAC 12, IAC 13, IAC 14 e IAC 15, e os acessos UFLA 20, UFLA 33, UFLA 36 e UFLA 64. A cultivar comercial Ouro-do-vale e os clones UFLA 38 e UFLA 69 sequer enquadraram-se em qualquer grupo, seja de mesa ou indústria, enquanto, que o clone Pão-da-china (de mesa) agrupou-se junto com os clones da indústria. Portanto, a utilização dos primers foi adequada para agrupar os clones com aptidão para uso "in natura", mas não para indústria. Palavras-chave -Mandioca. Agrupamento. Marcadores genéticos.Abstract -The characteristics of the clones used in the cultivation of cassava vary according to the commercial suitability of the culture, that is, both for industrial processing and 'in natura' human consumption. This study aimed to identify new cassava clones obtained by crossbreeding at the Federal University of Lavras (UFLA) in 1998, with respect to this suitability. To this end an attempt was made to identify clones with molecular patterns similar to those displayed by commercial clones. The methodology used for the extraction of DNA and obtaining the banding patterns was the same as that recommended for the technique of microsatellite molecular markers. The molecular characterization of the cassava clones from UFLA stock and of commercial clones showed a similarity of distribution concentrated in two groups. One group consists of clones for human consumption 'in natura' Baiana, Casca-roxa and IAC 576-70, and of the stock clones UFLA 7, UFLA E, UFLA 22 and UFLA 55. The other group consists of clones for industrial processing FIBRA, IAC 12, IAC 13, IAC 14 and IAC 15, and of the stock clones UFLA 20, UFLA 33, UFLA 36 and UFLA 64. The commercial cultivar, Ouro-do-vale, and the clones UFLA 38 and UFLA 69 fitted well into either group, whether for consumption or industrial use, while the Pão-da-china clone (for consumption) grouped together with the industrial clones. Therefore the use of primers was sufficient to group those clones suitable for 'in natura' use but not those for industry.

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Characterization and genetic distance analysis of cassava (Manihot esculenta Crantz) germplasm from Mozambique using RAPD fingerprinting

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Caracterização molecular de acessos de mandioca biofortificados com potencial de uso no melhoramento genético

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Caracterização de clones de mandioca utilizando marcadores microssatélites

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