La diversidad ambiental de México ha permitido el desarrollo de diferentes formas silvestres y cultivadas de tomate cuyos frutos se comercializan local y regionalmente en diferentes estados del país. Este trabajo se realizó con el objetivo fue evaluar la calidad agronómica de 23 poblaciones de tomate nativo de México y dos comerciales como testigo, establecidas en condiciones de invernadero y campo abierto. Esta investigación se hizo en el Colegio de Postgraduados, Campus Montecillo, Texcoco, Estado de México, de febrero a junio de 2018. Las poblaciones nativas de tomate se obtuvieron del centro y sur de México; donde se evaluaron variables agronómicas y calidad de fruta. Los resultados muestran que las poblaciones de tomate fueron más afectadas por el factor variedad, en las variables: número de frutos, diámetro polar y ecuatorial, y número de lóculos; el ambiente produjo el mayor efecto en: altura de planta, número de hojas, peso de fruto, rendimiento y grosor de pericarpio. La interacción de variedad por ambiente afectó al número de frutos en mayor proporción. Cabe destacar que bajo condiciones protegidas y de campo abierto el genotipo nativo G3 generó el mayor rendimiento, con 4.4 kg/planta en invernadero y 2.8 kg/planta en campo. El rendimiento promedio en invernadero fue mayor en un 131 % comparado con el de campo abierto. En conclusión, se pudo observar que los materiales evaluados se adaptaron bien a un sistema de producción bajo condiciones protegidas, ocasionando que el rendimiento y la calidad de fruta incrementara.