Chimiothèque Nationale

Mahuteau-Betzer, Florence

doi:10.1051/medsci/20153104016

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“…The virtual databases selected were: the FDA (U.S. Food and Drug Administration)-approved database, a subset of the ZINC database [49], the Mu.Ta.Lig. Virtual Chemotheca [50] and the French National chemical library (Chimiothèque Nationale) [51].…”

Section: Virtual Screening For the Identification Of Potential Pknb Bindersmentioning

confidence: 99%

In Silico Identification of Possible Inhibitors for Protein Kinase B (PknB) of Mycobacterium tuberculosis

et al. 2021

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With tuberculosis still being one of leading causes of death in the world and the emergence of drug-resistant strains of Mycobacterium tuberculosis (Mtb), researchers have been seeking to find further therapeutic strategies or more specific molecular targets. PknB is one of the 11 Ser/Thr protein kinases of Mtb and is responsible for phosphorylation-mediated signaling, mainly involved in cell wall synthesis, cell division and metabolism. With the amount of structural information available and the great interest in protein kinases, PknB has become an attractive target for drug development. This work describes the optimization and application of an in silico computational protocol to find new PknB inhibitors. This multi-level computational approach combines protein–ligand docking, structure-based virtual screening, molecular dynamics simulations and free energy calculations. The optimized protocol was applied to screen a large dataset containing 129,650 molecules, obtained from the ZINC/FDA-Approved database, Mu.Ta.Lig Virtual Chemotheca and Chimiothèque Nationale. It was observed that the most promising compounds selected occupy the adenine-binding pocket in PknB, and the main interacting residues are Leu17, Val26, Tyr94 and Met155. Only one of the compounds was able to move the active site residues into an open conformation. It was also observed that the P-loop and magnesium position loops change according to the characteristics of the ligand. This protocol led to the identification of six compounds for further experimental testing while also providing additional structural information for the design of more specific and more effective derivatives.

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Section: Virtual Screening For the Identification Of Potential Pknb Bindersmentioning

confidence: 99%

In Silico Identification of Possible Inhibitors for Protein Kinase B (PknB) of Mycobacterium tuberculosis

et al. 2021

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“…L'hydratation du solvant lors des cycles de congélation et décongélation peut faciliter des réactions d'hydrolyse, et l'apport en oxygène peut, quant à lui, favoriser des oxydations [6,7]. Ces notions sont normalement prises en compte lors de la constitution d'une chimiothèque [8] (➜) mais il arrive que de telles molécules instables échappent à l'attention des chimistes et soient présentes dans les grandes collections. À nouveau, une méthode unique pour traiter ce point n'existe pas.…”

Section: Quelles Techniques De Contrôle Qualité D'une Chimiothèque ?unclassified

Contrôle qualité des chimiothèques

Galzi

Ruggiu²,

Gizzi

et al. 2015

Med Sci (Paris)

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des années 2000, la séquence complète du génome humain a été déchiffrée. Cet événement historique a immédiatement lancé d'énormes défis aux chercheurs, tant sur le plan des concepts que sur celui des méthodes de travail. Chaque communauté a considéré la manière dont elle pouvait apporter une aide. Il est rapidement apparu que l'utilisation des petites molécules était un moyen de découvrir et de caractériser la fonction d'une protéine et, par inférence, l'importance du gène qui l'encode, dans la construction des cellules, des organes et des organismes. À l'initiative d'une poignée de chercheurs, les chimistes français se sont organisés pour collecter leurs molécules et les mettre à disposition de biologistes. Ils faisaient ainsi d'une pierre deux coups : ils donnaient une nouvelle vie à leurs molécules en créant la première chimiothèque académique d'une part, et ils permettaient pour la première fois à des biologistes du domaine public de se lancer dans des programmes de découverte de molécules biologiquement actives d'autre part. Il fallait toutefois réunir des composés en grand nombre et assurer un contrôle qualité uniforme, ce qui est rapidement devenu une priorité pour que les chimiothèques deviennent des outils fiables. > que ces deux secteurs poursuivent des buts différents, leurs démarches expérimentales comportent des points communs. Chaque opération de criblage de collections de molécules conduit à l'identification de composés appelés touches, ou hits en anglais, qui sont des substances ayant exercé un effet biologique dans l'essai mis en oeuvre. Les essais de criblage peuvent reposer sur des mesures d'interactions (liaison d'une molécule à une protéine nécessairement identifiée) ou sur des mesures d'une réponse biologique (stimulation ou blocage d'une activité cellulaire, ou animale, sur une cible généralement non identifiée). L'activité de la touche doit être confirmée, c'est-à-dire répétée, et caractérisée par l'établissement, par exemple, d'une relation dose-effet. Nous avons participé à plus de 40 campagnes de criblage qui ont porté sur un total de 250 000 molécules testées et plusieurs centaines de touches identifiées. Il apparaît que le taux de confirmation d'une touche, ainsi que le taux d'identification de la même touche par deux centres de criblage, peuvent varier de manière importante. Ces taux se situent en moyenne aux alentours de 30 % (S. Gioria, P. Villa, communication personnelle) [1]. Les raisons de ces différences sont analysées dans cet article ; elles proviennent de quatre sources dont la qualité des collections de molécules fait partie. Une collection de molécules contient entre mille et plusieurs millions de composés. La caractérisation des molécules qui la composent est un point important, mais il est évident que les coûts de gestion de grosses collections peuvent exploser. Entrons dans le coeur du problème.Pourquoi faire un contrôle qualité : les sources de bruit dans un criblage L'identification d'une touche dans un essai de criblage est la résultante de plusieurs opérations indé...

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“…In chemistry, a few centers worldwide are making efforts to collect and store chemical substances for subsequent use. Exemplary well-known initiatives for the systematic collection of mostly commercial but also partly academic substances are the Compounds Australia 10 , EU-Openscreen 11 , Chimiotheque National (ChemBioFrance) 12 , and the Boston University Center for Molecular Discovery (BU-CMD) 13 . The known initiatives collect and register the chemical substances for medical or pharmaceutical application purposes but, as far as we known, not for a general, open subsequent use of various kinds.…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Supporting Sustainability of Chemistry by Linking Research Data with Physically Preserved Research Materials

Lin,

Huang,

Graessle

et al. 2023

Preprint

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Results of scientific work in chemistry can usually be obtained in the form of materials and data. A big step towards transparency and reproducibility of the scientific work can be gained if scientists publish their data in a FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable) manner in research data repositories. Nevertheless, in order to make chemistry as a discipline sustainable, obtaining FAIR data is insufficient and a comprehensive concept including the preservation of materials is needed. We describe in this article how we combined two infrastructures, a repository for research data (Chemotion repository) and an archive for chemical compounds (Molecule Archive), in order to offer a comprehensive infrastructure to find and access data and materials that were generated in chemistry projects. Samples play a key role in this concept: we describe how FAIR metadata of a virtual sample representation can be used to refer to the physically available sample stored in a materials’ archive and to link FAIR research data gained with the sample. We further describe the measures to make the physically available samples not only FAIR through the sample’s metadata but also accessible and reusable in the form of their material for others.

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Chimiothèque Nationale

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In Silico Identification of Possible Inhibitors for Protein Kinase B (PknB) of Mycobacterium tuberculosis

In Silico Identification of Possible Inhibitors for Protein Kinase B (PknB) of Mycobacterium tuberculosis

Contrôle qualité des chimiothèques

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