Clinical and economical impact of multiplex respiratory virus assays

Vallières, Émilie; Renaud, Christian

doi:10.1016/j.diagmicrobio.2013.03.008

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“…Para intentar responder esta interrogante debemos considerar: 1) ¿La determinación rutinaria de material genético viral es costo efectiva? La evidencia es poco clara, por un lado diversos estudios han señalado una reducción en los días de estancia hospitalaria 4 , pero en contraste esos mismos estudios no pudieron demostrar una reducción en la prescripción de antibióticos, ni en la duración de los tratamientos de modo que el beneficio final queda en duda; 2) ¿La identificación de un agente viral en la NAC tiene significado pronóstico? La mayoría de los estudios no han demostrado que la NAC de origen viral tenga un impacto significativo en la mortalidad, incluso si solo se analiza el subgrupo de NAC grave que requieren su ingreso a la Unidad de Cuidados Intensivos 3,5 .…”

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“…Este aspecto es, en mi opinión, el más relevante ya que la posibilidad de obtener un diagnostico precoz de infecciones potencialmente transmisibles en el ámbito hospitalario, es esencial en los esfuerzos para controlar su propagación. Este beneficio ha sido más evidente en unidades pediátricas 4 . Desde la perspectiva de la salud publica la determinación del perfil de virus causantes de NAC y su comportamiento estacional es fundamental para el desarrollo de políticas públicas que enfrenten esta contingencia y que reconozcan precozmente la aparición de brotes epidémicos; 4) ¿Qué proyecciones tiene la constatación de que los virus son importantes agentes en la NAC?…”

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Etiología viral en la neumonía adquirida en la comunidad

Carmona

2016

Rev. méd. Chile

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E n nuestro país la Neumonía adquirida en la comunidad (NAC) es la principal causa de mortalidad de origen infeccioso y la sépti-ma causa específica de muerte, con una tasa de mortalidad de 18 casos por 100.000 habitantes 1 . Dentro de los factores modificables que pueden reducir esta mortalidad esta el elaborar terapias antimicrobianas empíricas adecuadas, las que solo pueden ser desarrolladas con información local que explore la etiología de la NAC, por esto que el artículo que publica el Dr. Saldías y colaboradores en el presente número es clave ya que aplicando técnicas moleculares de reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real, demostraron un aumento significativo en el rendimiento diagnostico y que este aumento fue principalmente a expensas de la identificación de material genético de origen viral 2 . Este hallazgo ha sido ratificado en diversas latitudes: por ejemplo Burk y colaboradores publicaron un metaanalisis que incluyó 31 artículos sobre etiología viral de la NAC y que contabilizó un total de 10.762 pacientes 3 , y que tomados en conjunto, los virus contribuyeron en un 24,5% (95% CI 21,5-27,5%) a la etiología de la NAC y cuando se incluyeron estudios que preferentemente recolectaron muestras de las vía respiratorias inferiores su frecuencia llegó hasta el 44,2% (95% CI 35,1-53,3%). Pero ¿cuál es la relevancia de estos hallazgos y de qué manera pueden influir en la toma de decisiones en el manejo de la NAC? Para intentar responder esta interrogante debemos considerar: 1) ¿La determinación rutinaria de material genético viral es costo efectiva? La evidencia es poco clara, por un lado diversos estudios han señalado una reducción en los días de estancia hospitalaria 4 , pero en contraste esos mismos estudios no pudieron demostrar una reducción en la prescripción de antibióticos, ni en la duración de los tratamientos de modo que el beneficio final queda en duda; 2) ¿La identificación de un agente viral en la NAC tiene significado pronóstico? La mayoría de los estudios no han demostrado que la NAC de origen viral tenga un impacto significativo en la mortalidad, incluso si solo se analiza el subgrupo de NAC grave que requieren su ingreso a la Unidad de Cuidados Intensivos 3,5 . No obstante, una importante proporción de las NAC de origen viral son en realidad coinfecciones que en adulto va entre un 4% hasta un 30% de las series publicadas 6 . Los mecanismos patogénicos involucrados posiblemente incluyan el daño epitelial y alteraciones en la inmunidad Innata que permiten un aumento en la expresión de receptores para diversas bacterias 7 . En este subgrupo de pacientes la evidencia sugiere que la coinfeccion bacteriana/viral, podría tener mayor morbilidad 3 y mortalidad 2,7 , en consecuencia estas nuevas técnicas moleculares permitirían una rá-pida identificación de pacientes con coinfeccion y por ende una mayor vigilancia clínica para reducir la posibilidad de complicaciones, este aspecto no ha sido aun explorado en estudios prospectivos; 3) ¿La identificación de material genético viral tiene impact...

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Etiología viral en la neumonía adquirida en la comunidad

Carmona

2016

Rev. méd. Chile

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“…Viral culture was long considered the gold standard for RSV diagnosis, but it has a turnaround time of 3 to 7 days (1 to 2 days for shell vial culture) (19). Reverse transcriptase PCR (RT-PCR) has a much shorter turnaround time (hours) than and analytic and clinical sensitivities superior to those of culture; it is now the reference diagnostic method for respiratory virus detection (17,20). However, only ϳ15% of clinical laboratories participating in the United States National Respiratory and Enteric Virus Surveillance System (NREVSS) presently identify RSV by RT-PCR because of its associated costs and because of the specialized equipment and expertise required (21).…”

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Diagnostic Accuracy of Rapid Antigen Detection Tests for Respiratory Syncytial Virus Infection: Systematic Review and Meta-analysis

et al. 2015

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eRespiratory syncytial virus (RSV) rapid antigen detection tests (RADT) are extensively used in clinical laboratories. We performed a systematic review and meta-analysis to evaluate the accuracy of RADTs for diagnosis of RSV infection and to determine factors associated with accuracy estimates. We searched EMBASE and PubMed for diagnostic-accuracy studies of commercialized RSV RADTs. Studies reporting sensitivity and specificity data compared to a reference standard (reverse transcriptase PCR [RT-PCR], immunofluorescence, or viral culture) were considered. Two reviewers independently extracted data on study characteristics, diagnostic-accuracy estimates, and study quality. Accuracy estimates were pooled using bivariate random-effects regression models. Heterogeneity was investigated with prespecified subgroup analyses. Seventy-one articles met inclusion criteria. Overall, RSV RADT pooled sensitivity and specificity were 80% (95% confidence interval [CI], 76% to 83%) and 97% (95% CI, 96% to 98%), respectively. Positive-and negative-likelihood ratios were 25.5 (95% CI, 18.3 to 35.5) and 0.21 (95% CI, 0.18 to 0.24), respectively. Sensitivity was higher in children (81% [95% CI, 78%, 84%]) than in adults (29% [95% CI, 11% to 48%]). Because of this disparity, further subgroup analyses were restricted to pediatric data (63 studies). Test sensitivity was poorest using RT-PCR as a reference standard and highest using immunofluorescence (74% versus 88%; P < 0.001). Industry-sponsored studies reported significantly higher sensitivity (87% versus 78%; P ‫؍‬ 0.01). Our results suggest that the poor sensitivity of RSV RADTs in adults may preclude their use in this population. Furthermore, industry-sponsored studies and those that did not use RT-PCR as a reference standard likely overestimated test sensitivity.A cute respiratory infection (ARI) due to respiratory syncytial virus (RSV) is a leading cause of emergency department (ED) visits and hospitalizations in infants and children (1-3). RSV also produces substantial morbidity and mortality among the elderly and adults with underlying medical conditions (4, 5).Accurate and prompt diagnosis of RSV ARI can have important benefits for patient care. Because concurrent serious bacterial infection with RSV is uncommon, especially in children (6), a timely diagnosis of RSV ARI should diminish unnecessary antibiotic use (7)(8)(9). It may also minimize ancillary testing (10), decrease hospital stay durations (11), and permit prompt implementation of cohort assignment for the purpose of limiting nosocomial transmission within hospitals and long-term-care facilities (13)(14)(15)(16)57). Laboratory testing of respiratory secretions is required for confirmation of RSV infection because its seasonality and nonspecific clinical manifestations may overlap those of other viral and bacterial causes of ARI (17,18).There are currently four RSV diagnostic modalities in clinical use. Viral culture was long considered the gold standard for RSV diagnosis, but it has a turnaround time of 3 to 7 day...

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“…In contrast, the PCR-20 (Respiratory FilmArray) costs $120 and takes 1 hour to perform (in addition to instrument analysis setup time). [5][6][7][8] Obviously, if positive, the laboratory diagnosis of influenza A or B by nasal swab RIDT is the most cost-effective way to diagnose influenza A or B in hospitalized adults. In cases of adults admitted with an ILI and negative RIDTs, the PCR-3 (Cepheid Xpert Flu) is diagnostically accurate and cost-effective.…”

Section: Acknowledgmentsmentioning

confidence: 99%