The membrane attack complex (MAC) of the complement system is known as a natural immune mechanism of hosts against invading pathogens. This study was undertaken to structurally characterize and computationally analyzed the 5´-region, i.e. the downstream promoter region and the 5´-UTR nucleotide sequence of the porcine C8A, one of the components of the MAC. Sequencing approximately 950 bp of the 5´-region and analyzing in silico revealed the transcription start site, the TATA-box, the CAAAT-box, and the GATAAbox. High identity was found in range of 37-74 % among the sequences of pig, human, cattle, and mouse. Transcription factor binding sites, such as NFκB, Oct-1, HNF1, CDP, and C/EBP, showed high conservation between vertebrate animal species, especially between human and mouse, or pig and cattle. Seven single nucleotide polymorphisms were detected in the breeds Hampshire, Duroc, German Landrace, Large White, Pietrain, Berlin Miniature Pig, and Muong Khuong. Nucleotide exchanges could cause the generation of new binding motifs, which may affect the expression of the porcine C8A, particularly the C/EBP regulation of the porcine C8A gene -as described in the human C6 and C7 promoter.Keywords: porcine C8A, 5´-UTR, motifs, polymorphism
Zusammenfassung
Polymorphismen in der 5´-Region des porcinen C8A GensDer Membranangriffskomplex (membrane attack complex, MAC) des Komplementsystems ist ein angeborenener Immunmechanismus gegen Pathogene. Die Untersuchung zielte auf die Analyse der 5´flankierenden und 5´-UTR Sequenz des porcinen C8A Gens, das die C8A-Komponente des MAC kodiert. Die in silico Analyse von ca. 950 bp der 5´-Region des C8A Gens weist den Transkriptinsstart sowie regulatorische Elemente (TATA-Box, CAAAtBox, GATAA-Box, Transkriptionsfaktorbindungsstellen für NFκB, Oct-1, HNF1, CDP, und C/ EBP) aus. Die Identität zwischen der porcinen Sequenz und den Sequenzen von Mensch, Rind und Maus liegt zwischen 37 und 74 %. Die vergleichende Sequenzierung bei Tieren der Rassen Hampshire, Duroc, Deutscher Landrasse, Deutsches Edelschwein, Pietrain, Berliner Miniaturschwein und Muong Khuong führte zur Identifizierung von sieben polymorphen Stellen (single nucleotide polymorphisms, SNPs). Die SNPs können neue Bindungsmotive bilden und so die Expression des porcinen C8A beeinflussen -dies gilt insbesondere für die C/EBP-Regulation der Expression von C8A.Schlüsselwörter: Schweine C8A, 5'-UTR, Motive, Polymorphismus Archiv Tierzucht 54 (2011) 4, 430-438, ISSN 0003-9438