Comparison of viral load between saliva and nasopharyngeal swabs for SARS-CoV2: the role of days of symptoms onset on diagnosis

Abstract

BACKGROUND Coronavirus disease 2019 (COVID-19) is highly infectious causing millions of deaths worldwide. Nasopharyngeal swabs are the primary sample of choice for the diagnosis of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), thus, to decrease the exposure to potentially infected samples through the collection is a key point to reduce the risk of infection in healthcare workers.OBJECTIVES This study aimed to evaluate the sensitivity and viral load of saliva specimens by days of symptoms onset comparing to nasopharyngeal swabs in subjects with mild symptoms.METHODS Saliva and nasopharyngeal swabs samples were collected from São Paulo Hospital workers presenting mild symptoms, such as fever, cough, sore throat, rhinorrhea, myalgia, headaches, anosmia, ageusia, and fatigue. To understand the positivity and viral load, reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) was performed.FINDINGS Saliva specimens presented a sensitivity of 98.6% compared to nasopharyngeal swabs. Overall, saliva showed lower viral load compared to nasopharyngeal swabs, regarding days of symptoms onset on diagnosis, the first four days had significant changes in viral load and no significant difference was reported in the days five to nine.MAIN CONCLUSIONS Although RT-PCR of saliva has presented a lower viral load compared to nasopharyngeal swabs, saliva specimens are a potential and reliable candidate for COVID-19 diagnosis through RT-PCR.

SerumCovid database: Description and preliminary analysis of serological COVID-19 diagnosis in healthcare workers

“…The findings in this report are subject to at least three limitations. First, it was not possible to test subjects with molecular RNA SARS-CoV-2, which would be more reliable tests for diagnosis [ 27 ]. Second, not all subjects had IgA tests because of funding limitations, restricting a more comprehensive evaluation.…”

Detección del SARS-CoV-2 mediante RT-qPCR utilizando saliva en pacientes ambulatorios con estudio de COVID-19

“…La menor sensibilidad de RT-qPCR utilizando saliva puede estar determinada por la menor carga viral en este fluido en comparación con el HNF. En nuestro estudio, la saliva tuvo un CT promedio 3,99 más alto y una carga viral estimada al menos 18 veces menor que en HNF, lo que ha sido observado por varios autores 18,19,22 . Sin embargo, hubo un 18% de muestras en que la carga viral fue mayor en saliva, aunque sólo en la mitad de ellos la diferencia fue mayor a 1 Log, valor considerado significativo generalmente.…”

“…A medida que aumenta el número de días desde el inicio de los síntomas, la carga viral disminuye. Se ha demostrado que la carga de SARS-CoV-2 disminuye después de siete días en comparación con los primeros tres días de síntomas, tanto en HNF como en saliva 4,6,22,35 . En nuestro estudio, observamos cargas virales más altas desde un día antes del inicio de los síntomas hasta tres días después, tanto en la saliva como en el HNF.…”

“…Considerando que el número de muestras positivas con más de siete días de síntomas en nuestro estudio es muy pequeño, no es posible asegurar completamente que se pierde esta diferencia en el tiempo. Sin embargo, es posible que así ocurra, ya que otros autores han observado que hay una mayor reducción de la carga viral en la nasofaringe a lo largo del tiempo en comparación a la saliva 14,17,22 . La excreción del SARS-CoV-2 en la nasofaringe ha demostrado tener una duración más corta en comparación con otras muestras como el esputo, las heces y la orina, aunque no hay pruebas suficientes para compararlo con la saliva 36 .…”

Comprehensive analytical and clinical evaluation of a RNA extraction-free saliva-based molecular assay for SARS-CoV-2

“…Economical, easy to use, sensitive and high throughput assays are of crucial importance during the pandemic to timely diagnose COVID-19 cases, to further prevent transmission in the community. Saliva has been demonstrated to be a good alternative specimen for molecular SARS-CoV-2 diagnostics as it can be self-sampled and shows comparable sensitivity to NP/T swabs [ 1 – 3 ]. Many real-time PCR assays for detection of SARS-CoV-2 have been published [ 4 – 6 ], however, those methods generally apply RNA extraction and purification prior to amplification of (one or multiple) target genes.…”