O ovo é um alimento econômico e de alto valor nutritivo que faz parte do hábito alimentar do povo brasileiro. Entretanto, é um dos principais agentes causadores de salmonelose, enfermidade provocada por bactérias do gênero Salmonella, pertencentes à família Enterobacteriaceae, sendo conhecidos mais de 2.500 sorotipos, dos quais 80 a 90 têm importância para a saúde de animais e seres humanos. Diante dessa problemática, o presente trabalho teve como objetivo avaliar o nível de contaminação por Salmonella spp. em ovos de galinha e codorna (casca e gema) comercializados em Fortaleza/CE, por meio da técnica de PCR. Foram analisadas amostras de casca e gema de 36 ovos dos tipos branco, vermelho e codorna por reação em cadeia da polimerase (PCR), utilizando oligonucleotídeos específicos que conseguem amplificar um fragmento de 284 pares de bases (bp) do gene invA de Salmonella thyfimurium. Os resultados mostram que 2,6% da parte interna dos ovos e 5,3% da casca foram positivos para salmonela. Na comparação entre os diferentes tipos de ovos, das 18 amostras de ovos brancos, 11,1% apresentaram positividade na casca para Salmonella; das 14 de ovos de codorna, cerca de 7,1% das gemas apresentavam-se positivas e os ovos vermelhos apresentaram ausência de contaminação. Conclui-se que a técnica de PCR foi eficiente para demonstrar que ovos de galinha e codorna comercializados na cidade de Fortaleza-CE apresentaram contaminação por salmonela.