Introducción: La diversidad de una comunidad biológica es el resultado de procesos ecológicos e históricos, los cuales, analizados en conjunto, producen una mejor comprensión de las causas que la generan. Objetivo: Actualizamos y analizamos la diversidad específica y taxonómica de la ictiofauna del río Amacuzac, México. Métodos: Durante cinco temporadas de muestreo (2019-2020), recolectamos peces de diez sitios en el río y aplicamos un análisis de conglomerados a las variables del hábitat. Resultados: Recolectamos 7 638 individuos, siete de especies nativas y nueve no nativas, incluyendo Copadichromis borleyi, un nuevo registro para el Amacuzac. La riqueza por sitio osciló entre ocho y 13 especies. Las variables del hábitat definieron cuatro grupos. Las especies más abundantes fueron: Poeciliopsis gracilis, Poecilia maylandi y Amatitlania nigrofasciata. Las especies menos abundantes fueron: Pterygoplichtys pardalis, Ilyodon whitei, Copadichromis borleyi e Ictalurus punctatus. Las especies más relevantes fueron: A. nigrofasciata, Amphilophus istlanus, Andinoacara rivulatus, Notropis boucardi, Oreochormis sp., P. maylandi, P. gracilis y Thorichthys maculipinis. Las especies más restringidas fueron: Atherinella balsana, C. borleyi e I. punctatus. Conclusiones: Las especies en peligro de extinción, A. istlanus y N. boucardi, aun prevalecen en el río. Además, se muestra un aumento en el número de especies no nativas. Analizar la diversidad desde dos perspectivas, aporta una visión más completa de los cambios que se dan en el Río Amacuzac como consecuencia del establecimiento de especies, información que es importante para futuras estrategias de conservación.