El alimento comercial seco (ACS) para perro es una ración integral completamente mezclada y troquelada con calor y presión para darle forma de croqueta. El ACS está formulado con diversos ingredientes y subproductos agroindustriales de origen agrícola y pecuario. La contaminación por Aspergillus flavus y por aflatoxinas (AFs) en los alimentos se ha demostrado que es un problema global que causa daños a la salud humana y animal. El objetivo fue evaluar la presencia de microbiota fúngica y contaminación por AFs en el ACS. Una muestra aleatoria (n=77) de ACS comercializado se seleccionó en Aguascalientes, México. Las muestras fueron procesadas y cultivadas por diluciones seriadas, obteniendo aislados monospóricos, los cuales se caracterizaron morfológica, toxigénica (HPLC) y molecularmente (PCR). La concentración de AFs en ACS se cuantificó por HPLC. En el 53.2 % de ACS se observó crecimiento fúngico y 7.8 % superaron el límite máximo permisible (LMP=106 UFC/g). Se encontraron los géneros Aspergillus, Penicillium, Cladosporium, Mucor, Alternaria y Fusarium (69.4, 12.9, 9.4, 4.7, 1.7 y 1.1%, respectivamente). Todas las muestras de ACS mostraron contaminación por AFs (14.8 ± 0.3 µg/kg) y el 11.8 % excedió el LMP (20.0 µg/kg) sugerido por la normatividad; la contaminación se asoció significativamente (P<0.05) con algunos ingredientes empleados, humedad del ACS e inclusión de fungicidas y secuestrantes. Los resultados obtenidos sugieren que el proceso de elaboración del ACS no elimina completamente la contaminación por hongos ni por las AFs presentes en los ingredientes empleados para su formulación; en consecuencia, éstos permanecen en el producto terminado poniendo en riesgo la salud de los perros y eficacia de la cadena alimenticia.