El presente estudio busca determinar la presencia de metales pesados, Cadmio y Plomo, en el estuario del Río Chone, Ecuador, durante Junio a Septiembre de 2014; se obtuvieron seis muestras de agua y cinco de suelo en seis sitios, con dos réplicas por sitios, dando el total de 66 muestras. El análisis se realizó según el protocolo del Kit para Cadmio y Plomo de Merck-Millipore. En el agua las concentraciones de Cadmio fueron mayores en el sitio P4 (0,129 mg/L). En el sedimento, el nivel de Cadmio en el sitio P2 presentó mayor acumulación (0,0033 mg/g), para Plomo, los sitios con mayor nivel fueron P5 y P6 (0,18 – 0,21 mg/L respectivamente), lugares con mayor flujo de agua del estuario del Río Chone (8 UPS: Unidades Prácticas de Salinidad) y menor influencia con las corrientes del agua del Mar (30 UPS). Los resultados comparados con la legislación Ecuatoriana evidencian concentraciones altas de Cadmio en el ecosistema del estuario en estudio, que podría afectar la salud de organismos que viven a nivel de la columna de agua, tales como peces, al igual que actividades de recreación de los bañistas locales, de los cantones Sucre y San Vicente Manabí.ABSTRACTThe present study aims to determine the presence of cadmium and lead heavy metals in the Chone River estuary; Ecuador, during June to September 2014, six water samples and five soil samples were obtained at six sites, with two replications per site giving a total of 66 samples. The analysis was performed according to the protocol of Merck-Millipore Kit for cadmium and lead. Cadmium concentrations in the water were higher at the P4 site (0.129 mg/L). The level of cadmium in the sediment showed greater accumulation (0.0033 mg/g) in the P2 site. The sites with higher level of lead were P5 and P6 (0.18 y 0.21 mg/L respectively), these were places with greater flow of water of the Chone River estuary (8 UPS: Practical Units of Salinity) and less influence of the sea water currents (30 UPS).The results compared with Ecuadorian legislation show high concentrations of cadmium in the ecosystem of Chone River estuary, which could affect the health of organisms living at the water column level, such as fish, as well as recreational activities for local bathers from Sucre and San Vicente cantons from Manabí province.