Introdução: O Programa Saúde na Escola (PSE) é uma política intersetorial entre os ministérios da saúde e da educação com a perspectiva da atenção integral (prevenção, promoção e atenção) à saúde de crianças, adolescentes e jovens do ensino público básico, no âmbito das escolas e unidades básicas de saúde. Possui cinco componentes estruturantes a serem desenvolvidos pelos profissionais, que necessitam de formação permanente para o alcance de seus objetivos e metas. Objetivo: Analisar o processo de formação dos profissionais de saúde e educação do PSE. Método: Pesquisa qualitativa, fundamentada no referencial teórico de Paulo Freire, cujas categorias epistemológicas foram compiladas por Ecco (leitura de mundo, temáticas significativas, diálogo, curiosidade e problematização). Coleta realizada por meio de entrevista com 45 profissionais e analisada a partir do referencial.Resultados: A leitura de mundo em relação à formação apresentou-se permeada de dúvidas para o trabalho com os adolescentes. No tocante às temáticas significativas, manifestaram interesse em estudar alguns conteúdos pelas particularidades deste público. O diálogo foi incitado no repasse das informações e determinações estabelecidas pela gestão. Quanto à curiosidade, os profissionais apontaram incertezas acerca da continuidade das ações do programa, e relataram necessidades de aprendizagem não contempladas. A problematização não foi evidenciada nas falas. Conclusão: Destacam-se lacunas na formação do profissional no PSE para uma atuação que considere a promoção de saúde do adolescente.