Resumo: Estudo qualitativo baseado no referencial teórico metodológico da análise institucional, com o objetivo de analisar a implicação dos pesquisadores durante o processo de uma pesquisa-intervenção e as interferências que esta análise provocou. A pesquisa envolveu pesquisadores de duas universidades oriundos de cursos de medicina, enfermagem e odontologia, e trabalhadores de um Departamento Regional de Saúde no acompanhamento da implantação da Rede Cegonha no interior de São Paulo. Os pesquisadores trabalharam juntos na intervenção e em oficinas de análise. Contaram com um analista institucional externo, que auxiliou o grupo na análise de implicação. Duas instituições se destacaram na análise: a pesquisa, em cujo instituído predominam características de neutralidade, e a gestão, com características tayloristas. As diferenças entre os pesquisadores, as dificuldades em identificar ações próprias da gestão da rede e da pesquisa foram algumas das interferências identificadas. Conclui-se que a análise de implicação é uma ferramenta potente para pesquisas dessa natureza.