O presente trabalho tem por objetivo avaliar a percepção a cerca do ensino de conteúdos de microbiologia em turmas do Ensino Médio de escolas da rede pública e privada de São Luís, Maranhão. O estudo foi realizado em duas escolas, privada e pública de Ensino Médio em São Luís-MA, cujos participantes foram 04 professores e 16 alunos que tinham contato com conteúdo de Microbiologia, na disciplina de Biologia. Para avaliar a percepção dos participantes sobre os conteúdos de microbiologia e a forma de ministra-los foram realizadas entrevistas semi esrtuturadas e aplicados questionários contendo perguntas a cerca da utilização de tecnologias digitais para dinamizar as aulas de microbiologia. Os resultados mostraram que os professores (100%) entendem a importancia de tornar as aulas mais atrativas para os alunos, principalmente quando o conteúdo é abstrato, entretanto a falta de treinamento e de estrutura física e financeira das escolas impede que os professores invistam mais na preparação dessas aulas. Quanto a percepção dos alunos, esses também entendem a importância da utilização das tecnologias e recursos didáticos, entretanto relatam que os professores utilizam alguns recursos e apenas as vezes. Diante disso conclui-se que o estudo de Microbiologia não acontece de forma adequada nas escolas de Ensino Médio na ilha de São Luís, pois há uma estrutura inadequada, e ausência de recuros digitais e laboratoriais para outra uma aprendizagem significativa dos conteúdos ministrados, além da falta de habilidade e tempo dos professores com essas tecnologias.