Terumbu karang membutuhkan waktu yang lama untuk pulih dan rentan terhadap kerusakan. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis variabilitas spasial tutupan terumbu karang berdasarkan kategori pemanfaatan yang berbeda di Perairan Kepulauan Seribu Utara. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Agustus 2022 di enam stasiun pengambilan sampel di Perairan Kepulauan Seribu Utara. Pengambilan data tutupan karang diestimasi menggunakan metode Line Intercept Transect, sampel kualitas air yang diambil meliputi parameter kecerahan, nitrat, oksigen terlarut, pH, dan salinitas. Kategori pemanfaatan yang berbeda antar-stasiun pengambilan sampel tidak berpengaruh nyata terhadap besar persen tutupan karang hidup, kecuali pada stasiun yang berkategori dilindungi. Penyebab utama yang mempengaruhi nilai persen tutupan terumbu karang antar-stasiun pengambilan sampel diduga karena kerusakan fisik akibat benturan secara langsung dari aktivitas manusia, seperti kegiatan penangkapan, pariwisata, dan transportasi. Tutupan karang tertinggi dengan kategori baik terdapat pada Area Perlindungan Laut, sementara tutupan karang terendah dengan kategori rusak terdapat di Barat Pulau Pramuka sebagai stasiun yang paling terpengaruh oleh aktivitas manusia.