O crescimento demográfico humano tem promovido extrema elevação dos impactos antrópicos, acarretando declínio da biodiversidade mundial em vários ecossistemas, tornando imprescindível a aplicação de monitoramentos eficazes e ações efetivas de conservação. Atualmente, existe uma tendência de que os monitoramentos sejam de menor custo operacional e financeiro, bem como que possam ser desenvolvidos por longa duração. Os biomarcadores de efeito (p. ex., ensaios cometa, micronúcleo e vermelho neutro), têm sido empregados com sucesso em espécies emblemáticas, que têm se mostrado um ótimo reflexo da qualidade de um ambiente. Tais espécies, nomeadas “sentinelas ambientais”, evidenciam impactos antrópicos danosos ainda nos momentos iniciais, antecipando ações de gestão que evitem danos persistentes (às vezes irreversíveis) nas espécies, populações e comunidades locais, que somente seriam constatados futuramente. Espécies sentinelas precisam ser resistentes o suficiente, residentes do ambiente em avaliação, possuir reduzida vagilidade e mostrar interação com o maior número de componentes ambientais, sejam eles abióticos ou bióticos. Os trabalhos desenvolvidos com espécies de invertebrados (p. ex., bivalves e crustáceos) e vertebrados (p. ex., peixes e mamíferos) têm mostrado a excelência e eficácia dos biomarcadores, com avaliações no nível celular e molecular. O presente estudo visa apresentar os procedimentos que devem ser adotados durante a avaliação da qualidade ambiental pelo uso de biomarcadores de efeito (genotoxicidade e citotoxicidade), desde a escolha das espécies sentinelas, os cuidados na condução dos protocolos e a eficácia dos métodos em casos reais.